BLAST results



Show/hide
alignment		 Query BLAST Hit Gene type Function Organism Identities (%) Coverage (%) E-value Alignment
Seq_1 ssbB Machinery gene DNA processing Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

100.0

99.1

 3.55e-84 Length=113

 Score = 236 bits (602),  Expect = 4e-84, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 113/113 (100%), Positives = 113/113 (100%), Gaps = 0/113 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN
Sbjct  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPREKAAD  339
            TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPREKAAD
Sbjct  61   TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPREKAAD  113
Seq_1 ssbA Machinery gene DNA processing Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

64.2

59.6

 2.79e-49 Length=172

 Score = 150 bits (379),  Expect = 3e-49, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 68/106 (64%), Positives = 87/106 (82%), Gaps = 0/106 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M N+V+LVGRLTKDP+LRYT  GAAVA  TLAVNR+F N SGE EAD++NC  WR+ AEN
Sbjct  1    MLNRVVLVGRLTKDPELRYTPNGAAVATFTLAVNRTFTNQSGEREADFINCVTWRRQAEN  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPK  318
             A + +KGSL GV GR+QTR+YEN++G  V+VTEV A++V+F++PK
Sbjct  61   VANFLKKGSLAGVDGRLQTRNYENQQGQRVFVTEVQAESVQFLEPK  106
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Latilactobacillus sakei subsp. sakei 23K

59.4

55.3

 7.55e-46 Length=170

 Score = 141 bits (356),  Expect = 8e-46, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 63/106 (59%), Positives = 85/106 (80%), Gaps = 0/106 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M N+V+LVGRLT+D DLRYTS+GAAV   ++AVNR F NA+G+ EAD++NC +WRK+AEN
Sbjct  1    MINRVVLVGRLTRDVDLRYTSSGAAVGTFSMAVNRQFTNANGDREADFINCVIWRKSAEN  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPK  318
             A + +KGSLVGV GR+QTR+YEN++G  VYVTEV+ D    ++ +
Sbjct  61   FANFTKKGSLVGVDGRLQTRNYENQQGQRVYVTEVVVDNFSLLESR  106
Seq_1 ssbB Machinery gene DNA processing Streptococcus sobrinus strain NIDR 6715-7

46.2

43.0

 1.41e-31 Length=131

 Score = 104 bits (259),  Expect = 1e-31, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 49/106 (46%), Positives = 71/106 (67%), Gaps = 1/106 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+L+GRLT  P++  T +  +V H+TLAVNR FK   GE +AD+VN   W K AE+
Sbjct  1    MYNKVILIGRLTAAPEMVKTPSNKSVTHITLAVNRRFKTQDGERQADFVNVVFWGKLAES  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPK  318
               Y  KGSLV + G I+TR YE ++G   YVTE+LA + + ++ +
Sbjct  61   LVSYAGKGSLVSLDGEIRTRHYE-KDGQTHYVTEILAQSFQLLESR  105
Seq_1 ssbA Machinery gene DNA processing Streptococcus mutans UA159

44.3

41.2

 1.17e-29 Length=131

 Score = 99.4 bits (246),  Expect = 1e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/106 (44%), Positives = 70/106 (66%), Gaps = 1/106 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+L+GRL   P++  T    +V  VTLAVNR FK+  GE +AD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVILIGRLVATPEMVKTPKDKSVTRVTLAVNRRFKSQDGEKQADFVNVVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPK  318
             A Y  KGSL+ + G ++TR YE ++GV  +VTEVL  + + ++ +
Sbjct  61   IASYGSKGSLISLDGELRTRKYE-KDGVTHFVTEVLGHSFQLLESR  105
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus mitis NCTC 12261

44.4

42.1

 1.19e-29 Length=131

 Score = 99.4 bits (246),  Expect = 1e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 48/108 (44%), Positives = 72/108 (67%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+++GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW K AE+
Sbjct  1    MYNKVIMIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGKLAES  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YVTEVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVTEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae TIGR4

44.4

42.1

 2.56e-29 Length=131

 Score = 98.6 bits (244),  Expect = 3e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 48/108 (44%), Positives = 71/108 (66%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+L+GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVILIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YVTEVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVTEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae Rx1

43.5

41.2

 5.43e-29 Length=131

 Score = 97.4 bits (241),  Expect = 5e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/108 (44%), Positives = 71/108 (66%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+++GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVIMIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YVTEVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVTEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae D39

43.5

41.2

 5.43e-29 Length=131

 Score = 97.4 bits (241),  Expect = 5e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/108 (44%), Positives = 71/108 (66%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+++GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVIMIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YVTEVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVTEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae R6

43.5

41.2

 5.43e-29 Length=131

 Score = 97.4 bits (241),  Expect = 5e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/108 (44%), Positives = 71/108 (66%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+++GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVIMIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YVTEVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVTEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB/cilA Machinery gene DNA processing Streptococcus mitis SK321

43.5

41.2

 1.30e-28 Length=131

 Score = 96.7 bits (239),  Expect = 1e-28, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/108 (44%), Positives = 70/108 (65%), Gaps = 1/108 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+L+GRLT  P+L  T+   +VA  T+AVNR +K+ +GE EAD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVILIGRLTSTPELHKTNNDKSVARATIAVNRRYKDQNGEREADFVNMVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
             A Y  KGSL+ V G ++TR +E    +N YV EVL    + ++ + +
Sbjct  61   LASYATKGSLISVDGELRTRRFEKNGQMN-YVAEVLVTGFQLLESRAQ  107
Seq_1 ssbB Machinery gene DNA processing Lactococcus lactis subsp. cremoris KW2

46.3

38.6

 3.45e-28 Length=129

 Score = 95.5 bits (236),  Expect = 3e-28, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 44/95 (46%), Positives = 62/95 (65%), Gaps = 0/95 (0%)
 Frame = +1

Query  4    FNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAENT  183
             N+ ML+GRLT  P++  T+   +   VTLAVNR FKN  GE EAD+++  LW K+AE  
Sbjct  1    MNKTMLIGRLTNAPEISKTTNNKSYVRVTLAVNRRFKNEKGEREADFISIILWGKSAETL  60

Query  184  ALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVL  288
              Y +KGSL+ V G I+TR+Y ++     Y+TE+L
Sbjct  61   VSYAKKGSLISVEGEIRTRNYTDKNEQKHYITEIL  95
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Staphylococcus aureus N315

36.1

34.2

 2.44e-24 Length=131

 Score = 85.9 bits (211),  Expect = 2e-24, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 39/108 (36%), Positives = 71/108 (66%), Gaps = 2/108 (2%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M N++++VGRLTKD  + +      +A   +A +R++K+ +GEI  DY+ C  + K A N
Sbjct  1    MLNKIVIVGRLTKDAQI-FEKEDRKIATFCVATHRNYKDENGEIVCDYLFCKAFGKLASN  59

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
               Y  +G+LVG++G++++R Y+ ++G   +VTE+  +T++FM PK +
Sbjct  60   IEKYTNQGTLVGITGQMRSRKYD-KDGQTHFVTELYVETIKFMSPKSQ  106
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Staphylococcus aureus MW2

35.2

33.3

 4.23e-23 Length=131

 Score = 82.4 bits (202),  Expect = 4e-23, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 38/108 (35%), Positives = 70/108 (65%), Gaps = 2/108 (2%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M N++++V RLTKD  + +      +A   +A +R++K+ +GEI  DY+ C  + K A N
Sbjct  1    MLNKIVIVERLTKDAQI-FEKEDRKIATFCVATHRNYKDENGEIVCDYLFCKAFGKLASN  59

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPKPR  324
               Y  +G+LVG++G++++R Y+ ++G   +VTE+  +T++FM PK +
Sbjct  60   IEKYTNQGTLVGITGQMRSRKYD-KDGQTHFVTELYVETIKFMSPKSQ  106
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Neisseria meningitidis MC58

33.7

30.7

 4.33e-20 Length=174

 Score = 75.9 bits (185),  Expect = 4e-20, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 35/104 (34%), Positives = 69/104 (66%), Gaps = 2/104 (2%)
 Frame = +1

Query  4    FNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGE-IE-ADYVNCTLWRKTAE  177
             N+V+L+GRL +DP++RY   G AV + ++A + ++ + +G+ +E  ++ N T++RK AE
Sbjct  3    LNKVILIGRLGRDPEVRYMPNGEAVCNFSVATSETWNDRNGQRVERTEWHNITMYRKLAE  62

Query  178  NTALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFM  309
                Y +KG LV + GRIQ+R Y+ ++G+     +++A+ ++ +
Sbjct  63   IAGQYLKKGGLVYLEGRIQSRKYQGKDGIERTAYDIVANEMKML  106
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Neisseria gonorrhoeae MS11

33.7

30.7

 4.47e-20 Length=174

 Score = 75.9 bits (185),  Expect = 4e-20, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 35/104 (34%), Positives = 69/104 (66%), Gaps = 2/104 (2%)
 Frame = +1

Query  4    FNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGE-IE-ADYVNCTLWRKTAE  177
             N+V+L+GRL +DP++RY   G AV + ++A + ++ + +G+ +E  ++ N T++RK AE
Sbjct  3    LNKVILIGRLGRDPEVRYMPNGEAVCNFSVATSETWNDRNGQRVERTEWHNITMYRKLAE  62

Query  178  NTALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFM  309
                Y +KG LV + GRIQ+R Y+ ++G+     +++A+ ++ +
Sbjct  63   IAGQYLKKGGLVYLEGRIQSRKYQGKDGIERTAYDIVANEMKML  106
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Vibrio cholerae strain A1552

38.1

32.5

 1.17e-19 Length=177

 Score = 75.1 bits (183),  Expect = 1e-19, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 37/97 (38%), Positives = 67/97 (69%), Gaps = 3/97 (3%)
 Frame = +1

Query  7    NQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKN-ASGEI--EADYVNCTLWRKTAE  177
            N+V+L+G L +DP++RY  +G AVA++T+A + ++++ A+GE   + ++   TL+ K AE
Sbjct  7    NKVILIGNLGQDPEVRYMPSGGAVANITIATSETWRDKATGEQKEKTEWHRVTLYGKLAE  66

Query  178  NTALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVL  288
                Y +KGS V + G++QTR ++++ G + Y TEV+
Sbjct  67   VAGEYLRKGSQVYIEGQLQTRKWQDQSGQDRYSTEVV  103
Seq_1 ssb Machinery gene DNA processing Glaesserella parasuis strain SC1401

33.3

30.7

 6.74e-17 Length=180

 Score = 67.8 bits (164),  Expect = 7e-17, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 35/105 (33%), Positives = 63/105 (60%), Gaps = 3/105 (3%)
 Frame = +1

Query  7    NQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNA-SGEIE--ADYVNCTLWRKTAE  177
            N+V++VG L  DPD+R    G AVA +++A + S+ +  +GE     ++     +R+ AE
Sbjct  5    NKVIIVGNLGNDPDMRTMPNGDAVATLSVATSESWNDKMTGERREVTEWHRIVFFRRQAE  64

Query  178  NTALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMD  312
                Y +KGS V V G+++TR ++++ G + Y TE+  D ++ +D
Sbjct  65   VAGQYLRKGSKVYVEGKLKTRKWQDQNGQDRYTTEIQGDVLQMLD  109
Seq_2 comK Regulator Competence regulation Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

100.0

99.5

 6.54e-148 Length=192

 Score = 404 bits (1037),  Expect = 7e-148, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 192/192 (100%), Positives = 192/192 (100%), Gaps = 0/192 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MSQKTDAPLESYEVNGATIAVLPEEIDGKICSKIIEKDCVFYVNMKPLQIVDRSCRFFGS  180
            MSQKTDAPLESYEVNGATIAVLPEEIDGKICSKIIEKDCVFYVNMKPLQIVDRSCRFFGS
Sbjct  1    MSQKTDAPLESYEVNGATIAVLPEEIDGKICSKIIEKDCVFYVNMKPLQIVDRSCRFFGS  60

Query  181  SYAGRKAGTYEVTKISHKPPIMVDPSNQIFLFPTLSSTRPQCGWISHVHVKEFKATEFDD  360
            SYAGRKAGTYEVTKISHKPPIMVDPSNQIFLFPTLSSTRPQCGWISHVHVKEFKATEFDD
Sbjct  61   SYAGRKAGTYEVTKISHKPPIMVDPSNQIFLFPTLSSTRPQCGWISHVHVKEFKATEFDD  120

Query  361  TEVTFSNGKTMELPISYNSFENQVYRTAWLRTKFQDRIDHRVPKRQEFMLYPKEERTKMI  540
            TEVTFSNGKTMELPISYNSFENQVYRTAWLRTKFQDRIDHRVPKRQEFMLYPKEERTKMI
Sbjct  121  TEVTFSNGKTMELPISYNSFENQVYRTAWLRTKFQDRIDHRVPKRQEFMLYPKEERTKMI  180

Query  541  YDFILRELGERY  576
            YDFILRELGERY
Sbjct  181  YDFILRELGERY  192
Seq_2 comK/comK1 Regulator Competence regulation Staphylococcus aureus MW2

31.9

22.3

 1.76e-18 Length=189

 Score = 74.7 bits (182),  Expect = 2e-18, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 43/135 (32%), Positives = 77/135 (57%), Gaps = 3/135 (2%)
 Frame = +1

Query  34   YEVNGATIAVLP--EEIDGKICSKIIEKDCVFYVN-MKPLQIVDRSCRFFGSSYAGRKAG  204
            Y +    + + P  ++ D +  S+II  D     N  K  +I++RSC+F+G++Y G+KA 
Sbjct  7    YVIRKGDMVIRPAFDDDDQRNGSEIIRFDKTRIQNPFKVQKIIERSCKFYGNTYLGKKAE  66

Query  205  TYEVTKISHKPPIMVDPSNQIFLFPTLSSTRPQCGWISHVHVKEFKATEFDDTEVTFSNG  384
            T  +T IS KPPI++ P    + FPT S  + +  W++  +++  K  +    +VTF N 
Sbjct  67   TNRITGISSKPPILLTPLFPTYFFPTHSDRQNENIWLNMHYIESIKELKNRKCKVTFINN  126

Query  385  KTMELPISYNSFENQ  429
            +++ L +SY+S  +Q
Sbjct  127  ESIILHVSYHSLWHQ  141
Seq_2 comK/comK1 Regulator Competence regulation Staphylococcus aureus N315

31.9

22.3

 1.76e-18 Length=189

 Score = 74.7 bits (182),  Expect = 2e-18, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 43/135 (32%), Positives = 77/135 (57%), Gaps = 3/135 (2%)
 Frame = +1

Query  34   YEVNGATIAVLP--EEIDGKICSKIIEKDCVFYVN-MKPLQIVDRSCRFFGSSYAGRKAG  204
            Y +    + + P  ++ D +  S+II  D     N  K  +I++RSC+F+G++Y G+KA 
Sbjct  7    YVIRKGDMVIRPAFDDDDQRNGSEIIRFDKTRIQNPFKVQKIIERSCKFYGNTYLGKKAE  66

Query  205  TYEVTKISHKPPIMVDPSNQIFLFPTLSSTRPQCGWISHVHVKEFKATEFDDTEVTFSNG  384
            T  +T IS KPPI++ P    + FPT S  + +  W++  +++  K  +    +VTF N 
Sbjct  67   TNRITGISSKPPILLTPLFPTYFFPTHSDRQNENIWLNMHYIESIKELKNRKCKVTFINN  126

Query  385  KTMELPISYNSFENQ  429
            +++ L +SY+S  +Q
Sbjct  127  ESIILHVSYHSLWHQ  141
Seq_3 endA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae Rx1

100.0

99.6

 0.0 Length=274

 Score = 535 bits (1377),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 274/274 (100%), Positives = 274/274 (100%), Gaps = 0/274 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MNKKTRQTligllvllllSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  180
            MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD
Sbjct  1    MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  60

Query  181  AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  360
            AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA
Sbjct  61   AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  120

Query  361  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  540
            TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP
Sbjct  121  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  180

Query  541  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  720
            KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE
Sbjct  181  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  240

Query  721  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  822
            AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ
Sbjct  241  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  274
Seq_3 endA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae D39

100.0

99.6

 0.0 Length=274

 Score = 535 bits (1377),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 274/274 (100%), Positives = 274/274 (100%), Gaps = 0/274 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MNKKTRQTligllvllllSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  180
            MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD
Sbjct  1    MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  60

Query  181  AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  360
            AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA
Sbjct  61   AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  120

Query  361  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  540
            TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP
Sbjct  121  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  180

Query  541  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  720
            KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE
Sbjct  181  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  240

Query  721  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  822
            AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ
Sbjct  241  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  274
Seq_3 endA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae R6

100.0

99.6

 0.0 Length=274

 Score = 535 bits (1377),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 274/274 (100%), Positives = 274/274 (100%), Gaps = 0/274 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MNKKTRQTligllvllllSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  180
            MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD
Sbjct  1    MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  60

Query  181  AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  360
            AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA
Sbjct  61   AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  120

Query  361  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  540
            TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP
Sbjct  121  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  180

Query  541  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  720
            KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE
Sbjct  181  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  240

Query  721  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  822
            AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ
Sbjct  241  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  274
Seq_3 endA Machinery gene DNA processing Streptococcus pneumoniae TIGR4

100.0

99.6

 0.0 Length=274

 Score = 535 bits (1377),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 274/274 (100%), Positives = 274/274 (100%), Gaps = 0/274 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MNKKTRQTligllvllllSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  180
            MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD
Sbjct  1    MNKKTRQTLIGLLVLLLLSTGSYYIKQMPSAPNSPKTNLSQKKQASEAPSQALAESVLTD  60

Query  181  AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  360
            AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA
Sbjct  61   AVKSQIKGSLEWNGSGAFIVNGNKTNLDAKVSSKPYADNKTKTVGKETVPTVANALLSKA  120

Query  361  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  540
            TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP
Sbjct  121  TRQYKNRKETGNGSTSWTPPGWHQVKNLKGSYTHAVDRGHLLGYALIGGLDGFDASTSNP  180

Query  541  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  720
            KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE
Sbjct  181  KNIAVQTAWANQAQAEYSTGQNYYESKVRKALDQNKRVRYRVTLYYASNEDLVPSASQIE  240

Query  721  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  822
            AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ
Sbjct  241  AKSSDGELEFNVLVPNVQKGLQLDYRTGEVTVTQ  274
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Competence regulation Streptococcus pneumoniae Rx1

100.0

99.6

 0.0 Length=282

 Score = 579 bits (1492),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 282/282 (100%), Positives = 282/282 (100%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ
Sbjct  61   DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Competence regulation Streptococcus pneumoniae D39

100.0

99.6

 0.0 Length=282

 Score = 579 bits (1492),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 282/282 (100%), Positives = 282/282 (100%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ
Sbjct  61   DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Competence regulation Streptococcus pneumoniae R6

100.0

99.6

 0.0 Length=282

 Score = 579 bits (1492),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 282/282 (100%), Positives = 282/282 (100%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ
Sbjct  61   DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Competence regulation Streptococcus pneumoniae TIGR4

100.0

99.6

 0.0 Length=282

 Score = 579 bits (1492),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 282/282 (100%), Positives = 282/282 (100%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ
Sbjct  61   DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Streptococcus mitis NCTC 12261

98.6

98.2

 0.0 Length=282

 Score = 573 bits (1477),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 278/282 (99%), Positives = 280/282 (99%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQ+L VLEYGENVDQELLLGDIA+ISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQVLAVLEYGENVDQELLLGDIAEISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHL KEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ
Sbjct  61   DAHLEKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA/cilB/dalA Machinery gene DNA processing Streptococcus mitis SK321

97.9

97.5

 0.0 Length=282

 Score = 570 bits (1468),  Expect = 0.0, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 276/282 (98%), Positives = 279/282 (99%), Gaps = 0/282 (0%)
 Frame = +1

Query  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  180
            MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID
Sbjct  1    MKITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQID  60

Query  181  DAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQ  360
            DAHL KEF+K PSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSR+CSKQ
Sbjct  61   DAHLEKEFKKIPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRSCSKQ  120

Query  361  GAKSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  540
            GAKSVEK+IQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL
Sbjct  121  GAKSVEKIIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL  180

Query  541  QDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  720
            QDYI NDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE
Sbjct  181  QDYISNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEE  240

Query  721  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF
Sbjct  241  GRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  282
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Streptococcus mutans UA159

63.2

62.5

 4.15e-134 Length=280

 Score = 376 bits (966),  Expect = 4e-134, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 177/280 (63%), Positives = 221/280 (79%), Gaps = 0/280 (0%)
 Frame = +1

Query  7    ITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQIDDA  186
            + N++++KLKK+GLTN  IL +++Y E   + L L D+A +S  + P +FME Y  +D  
Sbjct  1    MDNFQLFKLKKAGLTNLNILNIIDYEERTQKSLSLRDMAVVSKNKKPLIFMEHYKNLDSK  60

Query  187  HLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGA  366
             L KEF +FPS SILD  YP +L  IY+ PVLLFY+G+LDLL  PK+AVVGSR  S+ G 
Sbjct  61   ALRKEFNRFPSLSILDKEYPLELKNIYNPPVLLFYQGDLDLLARPKLAVVGSRNASQMGV  120

Query  367  KSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQD  546
             +V+K+IQ L  + VI+SGLA+GIDTAAH+A+L++GG TIAVIGTGLDV YPK N+RLQD
Sbjct  121  AAVKKIIQDLSKQFVIISGLARGIDTAAHLASLKSGGATIAVIGTGLDVHYPKENRRLQD  180

Query  547  YIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGR  726
            YI  +HL+LSEY    QPLK+HFP RNRIIAGL +GV+VAEAK+RSGSLITCERAMEEGR
Sbjct  181  YIAKNHLLLSEYEAQSQPLKYHFPERNRIIAGLSQGVMVAEAKIRSGSLITCERAMEEGR  240

Query  727  DVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            DVF +PG+ILDG S+GCHHLIQEGAK +TSG D+L EF F
Sbjct  241  DVFVVPGNILDGQSEGCHHLIQEGAKCITSGFDILNEFNF  280
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Lactococcus lactis subsp. cremoris KW2

55.7

55.1

 7.91e-118 Length=282

 Score = 335 bits (859),  Expect = 8e-118, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 156/280 (56%), Positives = 212/280 (76%), Gaps = 0/280 (0%)
 Frame = +1

Query  7    ITNYEIYKLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMERYFQIDDA  186
            ITN+++++ KK+G+TN  + K+L++    D+++ L  +  ++  ++   F+E+Y   D  
Sbjct  2    ITNFDLFRWKKAGMTNLGVNKLLKFFRKYDRKISLRQMGQVAQVKSIPNFIEQYKNQDVK  61

Query  187  HLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGA  366
             L  +++KF SFSILDD YP  L EIY+ PVL+FY+GN+DLLK PK+A VGSR   + G 
Sbjct  62   KLRADYKKFSSFSILDDLYPERLREIYNPPVLIFYQGNIDLLKNPKLAFVGSRLAGQSGI  121

Query  367  KSVEKVIQGLENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQD  546
            KSV+K++  L     IVSGLAKGIDTA+H++A++    TIAVIGTGLD+FYP  N+++Q+
Sbjct  122  KSVQKIVTELNQSFTIVSGLAKGIDTASHLSAIKTKTPTIAVIGTGLDIFYPLENRKIQE  181

Query  547  YIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGR  726
            Y+    LVLSEY  GE+PLK+HFP RNRIIAGL RGV+V EAK+RSGSLITCERA+EEGR
Sbjct  182  YLAKYQLVLSEYSLGEKPLKYHFPERNRIIAGLSRGVVVVEAKLRSGSLITCERALEEGR  241

Query  727  DVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            D+FAIPG+I DG SDGC+HLIQ+GAKLV   QD+L E+ +
Sbjct  242  DIFAIPGNIADGTSDGCNHLIQQGAKLVYQAQDILEEYLY  281
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Latilactobacillus sakei subsp. sakei 23K

46.9

34.6

 1.46e-60 Length=288

 Score = 189 bits (481),  Expect = 1e-60, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 98/209 (47%), Positives = 131/209 (63%), Gaps = 1/209 (0%)
 Frame = +1

Query  220  FSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLE  399
             +ILD  YP  L E Y  PVLLFY+G+L LLK P +AVVG+R  +    +S+E+++QGL 
Sbjct  79   LTILDKDYPQRLLETYLPPVLLFYRGDLRLLKQPCLAVVGARQATHYSKQSLEQLLQGL-  137

Query  400  NELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSE  579
                I+SGLA+G D  AH  ALQ G   I VIGTG++  YP  N+ LQ  +    L+LSE
Sbjct  138  TATTIISGLAQGADAMAHEVALQRGLAPIGVIGTGINCSYPPQNEHLQQVVAEKGLLLSE  197

Query  580  YGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILD  759
            Y  G    ++ FPARN+IIAGLC  +IV EA+ +SGSLIT   A++  R+V+AIPG I  
Sbjct  198  YALGTPARRYQFPARNKIIAGLCHSLIVTEARHKSGSLITANLALQANRNVYAIPGRIDQ  257

Query  760  GLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
             LS GC+ LI  GA  +     ++ E  +
Sbjct  258  SLSQGCNQLIAAGATPLLDKNILIEELRY  286
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Legionella pneumophila strain ERS1305867

49.3

35.3

 4.42e-59 Length=361

 Score = 188 bits (477),  Expect = 4e-59, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 100/203 (49%), Positives = 133/203 (66%), Gaps = 1/203 (0%)
 Frame = +1

Query  241  YPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENELV-IV  417
            YP  L EI D P +L+ KG L  L  P +A+VGSR  S  G ++     + +    V IV
Sbjct  86   YPALLKEIADPPFILYAKGELSALTQPSLAIVGSRNASVTGNENARAFSREISRHGVSIV  145

Query  418  SGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGPGEQ  597
            SGLA GID  AH+  L+ GGKTIAV+GTG+D  YP+ + +L + I  + L+LSE+     
Sbjct  146  SGLALGIDAHAHLGCLEGGGKTIAVLGTGIDCIYPRRHLKLAEQITENGLLLSEFPLKSP  205

Query  598  PLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLSDGC  777
            P+  HFP RNRII+GL   ++V EA ++SGSLIT   A+E+ RDV AIPGSI + L+ GC
Sbjct  206  PIAGHFPLRNRIISGLSLCILVIEAAIKSGSLITARMALEQNRDVLAIPGSIHNPLARGC  265

Query  778  HHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            H+L+Q+GAKLVTS  DVL E + 
Sbjct  266  HYLLQQGAKLVTSVADVLDELKI  288
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

44.3

32.9

 9.08e-58 Length=297

 Score = 182 bits (463),  Expect = 9e-58, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 93/210 (44%), Positives = 134/210 (64%), Gaps = 2/210 (1%)
 Frame = +1

Query  217  SFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLL-KFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQG  393
            +  I    YP+ L  IYD P +LF KG++ LL K  K+ +VG+R  +  G + V  + + 
Sbjct  77   TIPISSKQYPFWLKSIYDPPAVLFAKGDMTLLSKGRKIGIVGTRNPTAYGKQVVNHLTKE  136

Query  394  L-ENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLV  570
            +     VIVSGLA GID  +H A+++  G+TI VI  G    YP+ N +L D++   H++
Sbjct  137  ICRKGWVIVSGLASGIDGMSHAASIKAKGRTIGVIAGGFQHIYPRENLQLADHMAKHHIL  196

Query  571  LSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGS  750
            LSE+ P  +P K+HFP RNRII+GL  GVIV + K +SGSLIT  +A+E+GR+VFA+PGS
Sbjct  197  LSEHPPETKPQKWHFPMRNRIISGLSEGVIVVQGKEKSGSLITAYQALEQGREVFAVPGS  256

Query  751  ILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEF  840
            + D  + G   LIQ+GAK + S +D+  E 
Sbjct  257  LFDPYAGGPIKLIQQGAKAIWSAEDIFEEL  286
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Glaesserella parasuis strain SC1401

41.4

33.9

 1.10e-52 Length=375

 Score = 171 bits (434),  Expect = 1e-52, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 96/232 (41%), Positives = 141/232 (61%), Gaps = 7/232 (3%)
 Frame = +1

Query  157  MERYFQ-----IDDAHLSKEFQKFPSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFP  321
            ++R+F      ID A    E  +    ++ D+ YP+ L +I  AP +LF +GN++ L  P
Sbjct  51   IQRWFNPEHKWIDQALQWAEQDQQQILTLFDEDYPFLLKQISTAPPVLFVRGNVESLSLP  110

Query  322  KVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-ENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIG  498
            ++A+VGSR  S  G          L +++L + SGLA GID   H  A    G TIAV+G
Sbjct  111  QIAIVGSRDYSHYGEHWAGHFSAELVKHQLAVTSGLAIGIDGFCHQRAANENGITIAVLG  170

Query  499  TGLDVFYPKANKRLQDYI-GNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAK  675
            +GLD  YP  +K+L + I      ++SE+ P + P+  +FP RNRII+GL  G +V EA 
Sbjct  171  SGLDQVYPARHKKLAEQIVETSGALVSEFFPSQPPIAENFPRRNRIISGLSLGTLVIEAT  230

Query  676  MRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVL  831
            + SGSLIT   A+E+GR+VFA+P S+ +  S+GCH LI+EGA LV + +D+L
Sbjct  231  VNSGSLITARYALEQGREVFALPNSVQNPYSEGCHKLIKEGALLVENVEDIL  282
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Staphylococcus aureus N315

37.8

37.8

 1.19e-52 Length=290

 Score = 169 bits (428),  Expect = 1e-52, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 107/283 (38%), Positives = 160/283 (57%), Gaps = 14/283 (5%)
 Frame = +1

Query  28   KLKKSGLTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGC----RNPAVFMER----YFQIDD  183
            KL  +  + +QI + L    NV +E   G   D   C    R   V + R    + ++D 
Sbjct  8    KLYWAHFSTKQIHQFLMAYPNVIKEE--GRKKDSYLCEWVNREENVLLLRKYYAFIKLDH  65

Query  184  AHLSKEFQKF--PSFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLK-FPKVAVVGSRACS  354
              + KE QK      + +D  YP  L EIY  P+LLFYKGN+ L+     +AVVG+R  +
Sbjct  66   NDIIKELQKLKVSYITYMDSEYPVLLKEIYQFPLLLFYKGNIKLINNMHHLAVVGARDST  125

Query  355  KQGAKSVEKVIQGLENE-LVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKAN  531
                +S+E ++   +++ L IVSGLA+G D  AH  AL+    TIAV+  G    YPK+ 
Sbjct  126  SYTQQSLEFLLSNDKSKYLTIVSGLAQGADAMAHQIALKYNLPTIAVLAFGHQTHYPKST  185

Query  532  KRLQDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERA  711
              L++ I    LV+SEY P     K+ FP RNRII+GL +GV++ EAK +SGS IT + A
Sbjct  186  LALRNKIEEKGLVISEYPPHTPIAKYRFPERNRIISGLSKGVLITEAKEQSGSHITIDFA  245

Query  712  MEEGRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEF  840
            +E+ R+V+ +PGS+ + ++ G    IQEGAK+V +  D+  ++
Sbjct  246  LEQNRNVYVLPGSMFNPMTKGNLLRIQEGAKVVLNANDIFEDY  288
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Staphylococcus aureus MW2

40.6

32.9

 1.31e-52 Length=131

 Score = 99.4 bits (246),  Expect = 1e-29, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 47/106 (44%), Positives = 70/106 (66%), Gaps = 1/106 (1%)
 Frame = +1

Query  1    MFNQVMLVGRLTKDPDLRYTSAGAAVAHVTLAVNRSFKNASGEIEADYVNCTLWRKTAEN  180
            M+N+V+L+GRL   P++  T    +V  VTLAVNR FK+  GE +AD+VN  LW + AE 
Sbjct  1    MYNKVILIGRLVATPEMVKTPKDKSVTRVTLAVNRRFKSQDGEKQADFVNVVLWGRLAET  60

Query  181  TALYCQKGSLVGVSGRIQTRSYENEEGVNVYVTEVLADTVRFMDPK  318
             A Y  KGSL+ + G ++TR YE ++GV  +VTEVL  + + ++ +
Sbjct  61   IASYGSKGSLISLDGELRTRKYE-KDGVTHFVTEVLGHSFQLLESR  105
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Neisseria meningitidis strain C311

46.3

33.2

 6.18e-52 Length=397

 Score = 170 bits (431),  Expect = 6e-52, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 94/203 (46%), Positives = 126/203 (62%), Gaps = 1/203 (0%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENE-L  408
            D+ +P  L++   AP +LF +GN+ LL  P  A+VGSR  + Q  +  +   + L  + +
Sbjct  89   DEDFPEMLTQGLTAPPVLFLRGNVQLLHKPSAAIVGSRHATPQAMRIAKDFGKSLGGKGI  148

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGP  588
             +VSG+A GIDTAAH  ALQ  G TIAV GTG+D  YP  NK L   I    L++SE+  
Sbjct  149  PVVSGMASGIDTAAHQGALQAEGGTIAVWGTGIDRIYPPVNKNLAYEIAEKGLIVSEFPI  208

Query  589  GEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLS  768
            G +P   +FP RNR+IA L +  +V EA + SGSLIT   A E GR+V A+PGSI +  S
Sbjct  209  GTRPYAGNFPRRNRLIAALSQVTLVVEAALESGSLITARLAAEMGREVMAVPGSIDNPHS  268

Query  769  DGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAE  837
             GCH LI++GAKLV    D+L E
Sbjct  269  KGCHKLIKDGAKLVECLDDILNE  291
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Neisseria meningitidis MC58

46.3

33.2

 6.18e-52 Length=397

 Score = 170 bits (431),  Expect = 6e-52, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 94/203 (46%), Positives = 126/203 (62%), Gaps = 1/203 (0%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENE-L  408
            D+ +P  L++   AP +LF +GN+ LL  P  A+VGSR  + Q  +  +   + L  + +
Sbjct  89   DEDFPEMLTQGLTAPPVLFLRGNVQLLHKPSAAIVGSRHATPQAMRIAKDFGKSLGGKGI  148

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGP  588
             +VSG+A GIDTAAH  ALQ  G TIAV GTG+D  YP  NK L   I    L++SE+  
Sbjct  149  PVVSGMASGIDTAAHQGALQAEGGTIAVWGTGIDRIYPPVNKNLAYEIAEKGLIVSEFPI  208

Query  589  GEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLS  768
            G +P   +FP RNR+IA L +  +V EA + SGSLIT   A E GR+V A+PGSI +  S
Sbjct  209  GTRPYAGNFPRRNRLIAALSQVTLVVEAALESGSLITARLAAEMGREVMAVPGSIDNPHS  268

Query  769  DGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAE  837
             GCH LI++GAKLV    D+L E
Sbjct  269  KGCHKLIKDGAKLVECLDDILNE  291
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Acinetobacter baumannii D1279779

44.9

32.5

 1.99e-51 Length=376

 Score = 168 bits (426),  Expect = 2e-51, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 92/205 (45%), Positives = 122/205 (60%), Gaps = 3/205 (1%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-ENEL  408
            D  YP  L    D P ++F KG    L  P++A+VGSR  S  G +        L E   
Sbjct  92   DSGYPTQLLPYTDHPPIIFGKGQAQALLQPQIAIVGSRKPSPHGRQVAYDFAYYLSEKGF  151

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYI-GNDHLVLSEYG  585
             I SGLA GID AAH  A  +  +TIAV GTGLD  YP  NK+L +YI   +  +++E+ 
Sbjct  152  FISSGLAYGIDEAAHQGASAHQ-RTIAVTGTGLDTTYPAQNKKLAEYILAQNGAIITEFL  210

Query  586  PGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGL  765
            PG  PL+ HFP RNRI++GL  GV+V EA ++SGSLIT  +A E+G+ VFAIPG I    
Sbjct  211  PGTPPLQQHFPRRNRIVSGLSLGVLVVEATLKSGSLITANKAAEQGKTVFAIPGHIYSEF  270

Query  766  SDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEF  840
              GCH LI+EGA L+   + ++ + 
Sbjct  271  HQGCHQLIREGAILIDHPEQIIEDL  295
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Acinetobacter baumannii strain A118

44.4

32.2

 6.67e-51 Length=376

 Score = 167 bits (422),  Expect = 7e-51, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 91/205 (44%), Positives = 121/205 (59%), Gaps = 3/205 (1%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-ENEL  408
            D  YP  L    D P ++F KG    L  P++A+VGSR  S  G +        L E   
Sbjct  92   DSGYPTQLLPYTDHPPIIFGKGQAQALLQPQIAIVGSRKPSPHGRQVAYDFAYYLSEKGF  151

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYI-GNDHLVLSEYG  585
             I SGLA GID AAH  A     +TIAV GTGLD  YP  NK+L ++I   +  +++E+ 
Sbjct  152  FISSGLAYGIDEAAHQGA-STHQRTIAVTGTGLDTTYPAQNKKLAEHILAKNGAIITEFL  210

Query  586  PGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGL  765
            PG  PL+ HFP RNRI++GL  GV+V EA ++SGSLIT  +A E+G+ VFAIPG I    
Sbjct  211  PGTPPLQQHFPRRNRIVSGLSLGVLVVEATLKSGSLITANKAAEQGKTVFAIPGHIYSEF  270

Query  766  SDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEF  840
              GCH LI+EGA L+   + ++ + 
Sbjct  271  HQGCHQLIREGAILIDHPEQIIEDL  295
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Haemophilus influenzae Rd KW20

38.2

36.0

 9.52e-51 Length=373

 Score = 166 bits (421),  Expect = 1e-50, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 102/267 (38%), Positives = 149/267 (56%), Gaps = 14/267 (5%)
 Frame = +1

Query  46   LTNQQILKVLEYGENVDQELLLGDIADISGCRNPAVFMER---YFQIDDAHLSKEFQKFP  216
            L+N  + ++L Y +   +++  G I      +  A F+E    + Q +  HL   F  F 
Sbjct  26   LSNITLNELLNYDDVAFRQMGWGAIQIRRWFKPEAKFIEPALVWSQKEGNHLVNYFSPF-  84

Query  217  SFSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL  396
                    YP+ L +    P LLF KGNL  L   ++A+VGSR C+  G    +     L
Sbjct  85   --------YPFLLKQTASFPPLLFVKGNLTALSQRQMAMVGSRYCTTYGEYWAKHFATEL  136

Query  397  E-NELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQ-DYIGNDHLV  570
                  I SGLA GID   H A +   G+TIAV+G+GL+  YP  ++RL    I N+  +
Sbjct  137  SLAGFTITSGLALGIDGHCHQAVVNIQGQTIAVLGSGLEQIYPSKHQRLSAQIIENNGAL  196

Query  571  LSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGS  750
            +SE+ P + P+  +FP RNRII+GL  G +V EA  +SGSLIT   A+E+ R+VFA+PG+
Sbjct  197  VSEFLPNQAPIAANFPRRNRIISGLSVGTLVVEATEKSGSLITARYALEQNREVFAVPGN  256

Query  751  ILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVL  831
            I +  S GCH LI++GA LV + +D+L
Sbjct  257  IQNKSSQGCHRLIKQGAMLVENAKDIL  283
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Acinetobacter baylyi ADP1

45.4

32.9

 1.10e-50 Length=383

 Score = 166 bits (421),  Expect = 1e-50, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 93/205 (45%), Positives = 125/205 (61%), Gaps = 3/205 (1%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-ENEL  408
            D  YP  L    D P +LF +G++  L  P++AVVGSR  S  G +        L E   
Sbjct  92   DPAYPSQLIPYQDRPPILFGQGSIQSLIQPQIAVVGSRKPSPHGRQVAYDFSYFLSEKGF  151

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDH-LVLSEYG  585
             I SGLA GID AAH  +L +  + IAV+GTGLD+ YP  NK L+ +I +    ++SE+ 
Sbjct  152  YITSGLAHGIDEAAHQGSLVHH-RAIAVVGTGLDLCYPSGNKALKQHIRDQGGAIVSEFL  210

Query  586  PGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGL  765
            PG  PL+ HFP RNRI++GL  GV+V EA ++SGSLIT  +A E+G+ VFAIPG I    
Sbjct  211  PGTPPLQAHFPRRNRIVSGLSLGVLVVEATLKSGSLITANKAAEQGKVVFAIPGHIYSEF  270

Query  766  SDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEF  840
              GCH LI+EGA LV   + ++ + 
Sbjct  271  HQGCHQLIREGAILVDHPEQIIEDL  295
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Neisseria gonorrhoeae MS11

45.8

32.9

 1.50e-50 Length=395

 Score = 166 bits (421),  Expect = 1e-50, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 93/203 (46%), Positives = 125/203 (62%), Gaps = 1/203 (0%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENE-L  408
            D+ +P  L++   AP +LF +GN+ LL  P  A+VGSR  + Q  +  +   + L  + +
Sbjct  89   DEDFPEMLTQGLTAPPVLFLRGNVRLLHKPSAAIVGSRHATPQAMRIAKDFGRALGGKGI  148

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGP  588
              VSG+A GIDTAAH  AL+  G TIAV GTG+D  YP ANK L   I    L++SE+  
Sbjct  149  PTVSGMASGIDTAAHQGALEAEGGTIAVWGTGIDRIYPPANKNLAYEIAEKGLIVSEFPI  208

Query  589  GEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLS  768
            G +P   +FP RNR+IA L +  +V EA + SGSLIT   A E GR+V A+PGSI +  S
Sbjct  209  GTRPYAGNFPRRNRLIAALSQVTLVVEAALESGSLITAGLAAEMGREVMAVPGSIDNPHS  268

Query  769  DGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAE  837
             GCH LI++GAKL     D+L E
Sbjct  269  KGCHKLIKDGAKLTECLDDILNE  291
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Neisseria gonorrhoeae strain FA1090

45.3

32.5

 2.86e-50 Length=395

 Score = 166 bits (419),  Expect = 3e-50, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 92/203 (45%), Positives = 125/203 (62%), Gaps = 1/203 (0%)
 Frame = +1

Query  232  DDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENE-L  408
            D+ +P  L++   AP +LF +GN+ LL  P  A+VGSR  + Q  +  +   + L  + +
Sbjct  89   DEDFPEMLTQGLTAPPVLFLRGNVRLLHKPSAAIVGSRHATPQAMRIAKDFGRALGGKGI  148

Query  409  VIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGP  588
              VSG+A GIDTAAH  AL+  G T+AV GTG+D  YP ANK L   I    L++SE+  
Sbjct  149  PTVSGMASGIDTAAHQGALEAEGGTVAVWGTGIDRIYPPANKNLAYEIAEKGLIVSEFPI  208

Query  589  GEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLS  768
            G +P   +FP RNR+IA L +  +V EA + SGSLIT   A E GR+V A+PGSI +  S
Sbjct  209  GTRPYAGNFPRRNRLIAALSQVTLVVEAALESGSLITAGLAAEMGREVMAVPGSIDNPHS  268

Query  769  DGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAE  837
             GCH LI++GAKL     D+L E
Sbjct  269  KGCHKLIKDGAKLTECLDDILNE  291
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Vibrio campbellii strain DS40M4

43.5

32.2

 1.30e-49 Length=369

 Score = 163 bits (413),  Expect = 1e-49, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 91/209 (44%), Positives = 127/209 (61%), Gaps = 1/209 (0%)
 Frame = +1

Query  220  FSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-  396
             ++ D  YP  L +    P LLF KG    L  P++A+VGSR  S  G +        L 
Sbjct  82   LTLADALYPPLLKQTVAPPPLLFVKGEASCLPQPQIAMVGSRNASVDGLQHTRTFASDLV  141

Query  397  ENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLS  576
            +++L++ SGLA GID  AH  AL  GGKTIAV+G+GL+  YP  ++ L   +  +  ++S
Sbjct  142  QHDLIVTSGLALGIDGHAHDGALLAGGKTIAVLGSGLEQVYPARHRGLAQRVAENGALVS  201

Query  577  EYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSIL  756
            E+ P  +P   +FP RNRII+GL  GV+V EA  +SGSLIT   A+E+GR+VFA+P SI 
Sbjct  202  EFRPDAKPRAENFPRRNRIISGLSLGVLVVEAAEKSGSLITARYALEQGREVFALPASIN  261

Query  757  DGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFE  843
               + G + LIQ GA LV + Q+VL E +
Sbjct  262  APNASGGNQLIQNGACLVQNTQEVLNEIQ  290
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Vibrio cholerae strain A1552

45.0

32.2

 8.47e-49 Length=371

 Score = 161 bits (408),  Expect = 8e-49, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 91/202 (45%), Positives = 124/202 (61%), Gaps = 1/202 (0%)
 Frame = +1

Query  241  YPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-ENELVIV  417
            YP  L EI  +P +LF +G  + +  P VA+VGSR  S  G +   +    L ++ LV+ 
Sbjct  87   YPRLLKEINSSPPVLFIEGIWEAVHDPAVAIVGSRNASVDGRQIARQFATELAQSGLVVT  146

Query  418  SGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGPGEQ  597
            SGLA GID  AH  ALQ  G+T+AV+G+GL   YPK ++ L + I     ++SE+ P   
Sbjct  147  SGLALGIDGYAHDGALQAQGQTVAVLGSGLAQVYPKQHQGLAERIIAQGALVSEFAPHTP  206

Query  598  PLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLSDGC  777
            P   HFP RNRII+GL  GV+V EA  +SGSLIT   A E+GR+VF +PGSI +  S G 
Sbjct  207  PKADHFPRRNRIISGLSLGVVVVEAAEKSGSLITARYAAEQGREVFVVPGSIFNAASQGS  266

Query  778  HHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFE  843
            + LI++GA LV S Q +  E +
Sbjct  267  NQLIRQGACLVQSVQQIHQELK  288
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Thermus thermophilus HB27

41.3

30.0

 7.58e-44 Length=334

 Score = 147 bits (372),  Expect = 8e-44, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 85/206 (41%), Positives = 121/206 (59%), Gaps = 6/206 (3%)
 Frame = +1

Query  220  FSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL-  396
              + ++ +P  L  +   P  L+ KG L   +   VA+VG+R  S        K+ + L 
Sbjct  63   LGLWEEGFPEGLKALPQPPTHLYLKGELPPERE-AVALVGTRRASPWALAFARKLARELS  121

Query  397  ENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLS  576
            E  L +VSGLA+GID  AH+ AL+ GG+T+ V+G+ LD  YP  N+ L   +     +LS
Sbjct  122  EAGLWVVSGLARGIDREAHLGALEAGGRTLGVLGSALDRVYPPENRPLAQRMD----LLS  177

Query  577  EYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSIL  756
            E+  G  P    FP RNR+IAGLCR V+V EA + SG+LIT   A+E G++V A+PG  +
Sbjct  178  EFPFGTGPKPEFFPRRNRLIAGLCRAVVVVEAPLDSGALITARHALELGKEVLAVPGRPM  237

Query  757  DGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLA  834
            D  S G + LIQ+GA  V S +DVL+
Sbjct  238  DERSLGANRLIQDGAYPVLSAEDVLS  263
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539

42.1

32.2

 7.37e-39 Length=370

 Score = 135 bits (340),  Expect = 7e-39, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 91/216 (42%), Positives = 126/216 (58%), Gaps = 19/216 (9%)
 Frame = +1

Query  241  YPWDLSEIYDAPVLLFYKG--NLDLL----KFP-KVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQG--  393
            YP  L  + D P +L+ +G    +LL      P  V +VG+RA S   A ++ + I G  
Sbjct  96   YPAALEALGDPPAVLWVRGAGGAELLAGLGTVPHSVGIVGTRAASPH-ALALTRTIAGEL  154

Query  394  LENELVIVSGLAKGIDTAAHMAAL-----QNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGN  558
                ++IVSGLA+G+DTAAH AAL     +    TI V+G+ +DV YP+ N  L   +  
Sbjct  155  AAAGVLIVSGLARGVDTAAHTAALEAASGEASSPTIGVLGSAVDVIYPRENHDLAGRM--  212

Query  559  DHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFA  738
              +V+SEY  G  P + HFP+RNR+IA L  GV+V E + +SGSLIT   A++ GR VFA
Sbjct  213  --VVVSEYPLGTGPAQHHFPSRNRVIAALSAGVLVVEGERKSGSLITATHALDCGRTVFA  270

Query  739  IPGSILDGLSDGCHHLIQEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            +PG   D  + G H LI++GA L  S QDVL E  +
Sbjct  271  VPGRAGDPRASGPHALIRDGAVLTESAQDVLTELNW  306
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Riemerella anatipestifer ATCC 11845 = DSM 15868

37.3

26.9

 9.26e-37 Length=367

 Score = 129 bits (325),  Expect = 9e-37, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 76/204 (37%), Positives = 118/204 (58%), Gaps = 4/204 (2%)
 Frame = +1

Query  244  PWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLENELV-IVS  420
            P  L E YDAP +LF KG+ +      +++VG+R  +  G   +E +I   +N+ + ++S
Sbjct  91   PRLLGECYDAPAILFQKGDYEDTA-NNISIVGTRNATAYGKSFLEDLIVQFKNKNIQVIS  149

Query  421  GLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRL-QDYIGNDHLVLSEYGPGEQ  597
            GLA G D  AH  AL+N  KT AV+  GL + YP  +K L ++ + N   + SE+   E+
Sbjct  150  GLALGTDGIAHQEALKNNIKTSAVLAHGLHIIYPSKHKILAEEILNNGGALFSEFCSDEK  209

Query  598  PLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLSDGC  777
            P + HF  RNRI+AGL    IV E+    GS+ T   A +  R+V+A+ G + D  S GC
Sbjct  210  PDREHFLQRNRIVAGLSANTIVVESAYAGGSISTASFANQYNREVYALAGRLTDKYSQGC  269

Query  778  HHLI-QEGAKLVTSGQDVLAEFEF  846
            +HLI Q  AK+++S + +L + + 
Sbjct  270  NHLIFQNKAKIISSIKGLLKDLDL  293
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 = ATCC 700819

36.6

24.0

 1.43e-31 Length=257

 Score = 113 bits (283),  Expect = 1e-31, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 68/186 (37%), Positives = 107/186 (58%), Gaps = 7/186 (4%)
 Frame = +1

Query  289  YKGNLDLLKFPKVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGLEN-ELVIVSGLAKGIDTAAHMAAL  465
            YKGNL LLK  K+A++GSR  S      V  +   L+N  L +VSG A G+D  A MAA+
Sbjct  26   YKGNLSLLKQDKIAIIGSRRMSVYTKNCVFSLASMLKNAHLCVVSGGALGVDITASMAAM  85

Query  466  QNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVLSEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGL  645
             N   TI +   GLD  YP+ N+++   I  + L LSEY     P  + F  RNR++  L
Sbjct  86   PN---TIGIFANGLDQIYPRTNEKIIKQIYENALALSEYEDDYLPKNYDFLLRNRLVIAL  142

Query  646  CRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSILDGLSDGCHHLIQEG-AKLVTSGQ  822
             + V+VA+A ++SGS+ + + A+E  + ++ +P  +  G S   + L++E  AKL+   +
Sbjct  143  SKAVVVAQADIKSGSMQSAKLALELNKPLYVLPQRL--GESTATNLLLKENKAKLICDFK  200

Query  823  DVLAEF  840
            + ++EF
Sbjct  201  EFVSEF  206
Seq_4 dprA Machinery gene DNA processing Helicobacter pylori 26695

32.8

22.6

 8.54e-23 Length=266

 Score = 90.1 bits (222),  Expect = 9e-23, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 64/195 (33%), Positives = 103/195 (53%), Gaps = 8/195 (4%)
 Frame = +1

Query  220  FSILDDCYPWDLSEIYDAPVLLFYKGNLDLLKFP-KVAVVGSRACSKQGAKSVEKVIQGL  396
            +S L++  P     + D P  L+  G+  LL  P KVA++G+R  +    +    + + L
Sbjct  7    YSTLENI-PKAFDILKDPPKKLYCVGDTKLLDTPLKVAIIGTRRPTPYSKQHTITLAREL  65

Query  397  -ENELVIVSGLAKGIDTAAHMAALQNGGKTIAVIGTGLDVFYPKANKRLQDYIGNDHLVL  573
             +N  VIVSG A G+D  A   AL    KTI +    LD  YP  N ++   I  + L+L
Sbjct  66   AKNGAVIVSGGALGVDIIAQENAL---PKTIMLSPCSLDFIYPTNNHKVIQEIAQNGLIL  122

Query  574  SEYGPGEQPLKFHFPARNRIIAGLCRGVIVAEAKMRSGSLITCERAMEEGRDVFAIPGSI  753
            SEY     P+K  F ARNR++  L   VI+ +A ++SGS+ +   A +  + +F +P  +
Sbjct  123  SEYEKDFMPIKGSFLARNRLVIALSDVVIIPQADLKSGSMSSARLAQKYQKPLFVLPQRL  182

Query  754  LDGLSDGCHHLIQEG  798
             +  SDG + L+++G
Sbjct  183  NE--SDGTNELLEKG  195