MML
Microbial Bioinformatics Group at MML, SJTU

 
The Microbial Bioinformatics Group at the Laboratory of Molecular Microbiology, State Key Laboratory of Microbial Metabolism, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University (SJTU), China, is focused on in-depth mining of bacterial genome sequences by combination of bioinformatics approaches and molecular biology experimental techniques.

The current work emphasizes:
(i) development of the open-access database and prediction tools of bacterial mobile genetic elements, toxin-antitoxin systems, and secretion systems;
(ii) characterization of novel mobile genetic elements in Klebsiella pneumoniae and other opportunistic bacterial pathogens that have developed antibiotic resistances.
 
News:
学术报告:2024年5月,Translational human organ ex vivo perfusion models to study infection, Prof. Marco R. Oggioni, University of Bologna, Italy
研究生招生:2024年研究生招生情况说明(学术型硕士1名)
科研进展:2023年12月,合作发现肺炎克雷伯菌从动质粒促进耐药基因和毒力基因的播散
科研进展:2023年11月,DeepSecE, ICEberg3和TADB3论文发表
学术报告:2023年7月,基于本体的疫苗数据标准化、整合和机器学习,何勇群 密西根大学医学院
学术报告:2023年5月,利用机器学习技术来加速生物医学知识发现,宋江宁 蒙纳士大学
科研进展:2022年11月,发展细菌六型分泌系统数据库
科研进展:2022年5月,发展病原菌耐药移动元件的一键式分析软件
科研进展:2021年10月,开发细菌基因组规模预测IV型分泌系统效应蛋白的新软件
科研进展:2021年7月,合作发现肺炎克雷伯菌毒力质粒的非自主转移
学术报告:2021年5月,Leveraging the power of data-driven machine learning techniques to address significant biomedical classification problems
学术报告:2019年10月,Within-macrophages replication dynamics of Klebsiella pneumoniae
学术报告:2019年10月,本体:生物医学大数据标准化与高级人工智能的基石
学术报告:2019年9月,基于纳米孔测序技术的新型耐药质粒结构解析方案
学术报告:2019年4月,RNA Systems Biology meets infection: Bacterial 3’UTR fragments are a novel class of regulatory RNA
科研进展:2019年8月,联合发现与肺炎克雷伯菌乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统的转录调控机制
科研进展:2018年7月,明确肺炎克雷伯菌耐药质粒在高毒株中的接合转移
科研进展:2018年3月,肺炎克雷伯菌乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统的识别和鉴定
科研进展:2017年2月,VRprofile软件识别病原细菌的可移动遗传元件
学术报告:2016年10月,Histidinekinase:the receptor of β-lactam antibiotics in Gramnegative bacteria
学术报告:2016年10月,Systematic and Integrative Bioinformatic Collection, Representation, and Analysis of Vaccines and Pathogen Virulence Factors
学术报告:2015年8月,A Salmonella enterica Paratyphi A Stk fimbrial gene polymorphism: spontaneous neutral variation or an immune evasion-selected phenomenon
学术报告:2015年7月,From Microorganisms: Drug Delivery, Nanotechnology and Cancer Therapy
科研进展:2015年7月,分析碳青酶烯耐药肺炎克雷伯菌的可移动基因组
学术报告:2015年6月,Mini-Seminar on Bacterial Antimicrobial Resistance (AMR) and Drug Development
科研进展:2011年10月,细菌整合性接合元件数据库对外开放
科研进展:2007年11月,甲型副伤寒沙门菌的多重PCR检测