Detailed information of component protein
Summary
Component ID | T6CP015851 |
Component protein type | TssM |
T6SS ID (Type) | T6SS01275 (Type i4b) |
Strain | Acinetobacter baumannii DSM 30011 |
Replicon | chromosome |
Sequence | Protein sequence (1275 a.a.); Nucleotide sequence (3825 bp) |
Reference |
External database links
Locus tag (Gene) | DSM30011_RS11565 |
Coordinate (Strand) | 544928..548752 (-) |
NCBI ID | 446479065 |
RefSeq | NZ_JJOC02000004 |
Uniprot ID | A0A090B4J0_ACIBA, D0C8N8_ACIB2 |
KEGG ID | - |
PDB ID | - |
Pfam domain hit(s)
Domain | Pfam ID | E-value | Aligned region |
---|---|---|---|
IcmF-related | PF06761.14 | 8e-83 | 496..837 |
IcmF-related_N | PF14331.8 | 7.8e-79 | 188..444 |
IcmF_C | PF06744.14 | 3.8e-18 | 1107..1197 |
Transmembrane helices
- Transmembrane helices are predicted using TMHMM 2.0 software.
Prediction | Region | Sequence |
---|---|---|
Inside | 1-4 | MHTI |
Transmembrane helix | 5-27 | LGYLWQYITNPKAIIALSLFVAL |
Outside | 28-36 | MSSYTSIPR |
Transmembrane helix | 37-59 | HIFWALASAYALGLIAYGIYWLI |
Inside | 60-442 | QRKKHAVQGEELAQAIEKDTQAEYGKNKDKEELQLISQQMKESIQLIRKSKLGDKKGNAALYELPWYMVIGNPAAGKSSAIYNSGLKFPFEETHQKMVSAGLSGTRNCDWFFSTEGILLDTAGRYSVYSEDHSEWLGFLNILKKNRSKAPVNGLILIVSIAELVSQSPEHSLKLAKNLRARIQDLTERLEVVVPVYLVFSKMDLIAGFTEFFEFYEAQEYNQAWGATLPYEQNSSHNAVDLFEKHYNILYDGLKGVSSTHLSRRHSQNISPSVMTFPLEFKTLKPALKSFIATLFEDNPYQFQPVFRGFYFTSALQEGVIESPMTEQIAQEFQLSQIAQSEVKDQLKTTPNHGYFLKGLFSDVILKDKDLVKQHVNTSKKRQR |
Transmembrane helix | 443-462 | YIAFIGALAGVSIILGVWVW |
Outside | 463-1274 | SYRNNQQLIAEVQADLNKVVQLEKSSGQQLSTQLEALLILQRRLQQLDEFDENRPLKFSFGLYQGNELREKLKAEYLKGVKQIVLIPTQQNIAQYLQRVKNNEATLKANHTNVEIKQTAQTQQYLEPSDTNPQDAYNALKAYLMMSNPQYMDASHLSDQVTRFWRSWLDANKGQMPRADMIQEAEQILSYAMTLANDKQFPILDADSQLVDQTRQVLLSVIRGMPARDRVYNEIKMRAAVRFPALTVSQIVGDANKNIVLGSYALPGVFTQKAWNEYVEKAIEEAADKPTDTKDWVLNSRQSDDLTFSGSPEQIRKQLTALYKQEYIAEWRKFLSGIHYAKATQFAQQVKNIDVLGEPQNSPIRTLIERVAIETNWDNPVVQAELAAPQKGFIAWFKRKVLNHDDKQLANQAVTNAQGPISQEYQMFYQLVRKRDDQQGKSLLDEYMTNLALVRSKFNELKNAGEIGPNAMTLVKQTLNEQTSVFNQTQKIVDEKMAVGFSEIDQQLLQKLVVSPLTQAFESLITPTQDEINKLWVMQAYQPFTANLAKKYPFNSSASLQATSSEIGQILGENGSISRFVKESLDPFVIRRGYTLTSKTWKDLGISLNPQFVMNFQRYVAPTNGMATGELNSQAPAAPATNQSNFQFYPIQNPQLLSYTVDIDGQRMTYENGVQQWVNFIWPNQGSIPGARITAVDLQGQTHTIFDEPGEYGINRLIDSAQRKEQNGGFEMLWRSKTDPSLFVKMNFRLISSNSGSIGSSRGYSGMQLVDKVTADKAARVVSAQQAPAQAAAPAKTENPVSALAQPAAGVKP |
Signal peptides
- Sec/SPI: "standard" secretory signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep).
- Sec/SPII: lipoprotein signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase II (Lsp).
- Tat/SPI: Tat signal peptides transported by the Tat translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep).
Prediction | Probability | Cleavage site | Signal peptide sequence |
---|---|---|---|
Other | 0.9546 | - | - |
Protein sequence: 1275 a.a.
>T6CP015851 NZ_JJOC02000004:c548752-544928 [Acinetobacter baumannii] [TssM]
MHTILGYLWQYITNPKAIIALSLFVALMSSYTSIPRHIFWALASAYALGLIAYGIYWLIQRKKHAVQGEELAQAIEKDTQ
AEYGKNKDKEELQLISQQMKESIQLIRKSKLGDKKGNAALYELPWYMVIGNPAAGKSSAIYNSGLKFPFEETHQKMVSAG
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SRRHSQNISPSVMTFPLEFKTLKPALKSFIATLFEDNPYQFQPVFRGFYFTSALQEGVIESPMTEQIAQEFQLSQIAQSE
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Nucleotide sequence: 3825 bp
>T6CP015851 NZ_JJOC02000004:c548752-544928 [Acinetobacter baumannii] [TssM]
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GATGTCTTCCTATACTTCAATTCCTCGCCATATATTTTGGGCTTTAGCATCTGCATATGCTTTAGGGCTCATCGCTTATG
GAATTTATTGGCTAATTCAGCGTAAAAAGCATGCTGTTCAAGGTGAAGAGCTTGCACAAGCGATTGAAAAGGATACCCAA
GCAGAGTACGGCAAAAATAAAGATAAAGAAGAGCTGCAACTTATTAGCCAACAAATGAAAGAATCTATTCAATTGATTCG
TAAGTCAAAGTTAGGCGATAAAAAGGGGAACGCAGCACTATATGAGTTGCCATGGTATATGGTCATTGGTAACCCGGCTG
CTGGTAAAAGTTCTGCGATCTATAATTCCGGTTTAAAGTTTCCTTTTGAAGAAACCCATCAAAAAATGGTTTCGGCTGGT
TTAAGCGGTACGCGTAATTGTGACTGGTTTTTTTCGACTGAGGGTATTTTACTCGACACCGCTGGACGCTATTCGGTCTA
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TTCTTATTGTTAGTATTGCTGAGCTTGTTAGTCAGAGTCCTGAACACTCATTAAAGCTTGCGAAAAATTTACGCGCTCGT
ATTCAGGATTTAACCGAACGTTTAGAAGTGGTTGTACCTGTATATCTAGTCTTTTCAAAAATGGATTTGATCGCGGGTTT
TACCGAATTTTTCGAATTCTATGAAGCACAAGAATATAATCAGGCGTGGGGCGCAACACTACCATATGAGCAAAACTCTT
CTCATAATGCTGTAGATCTTTTTGAGAAACACTACAATATTCTTTATGACGGTTTAAAAGGGGTCAGTTCAACTCATCTT
AGCCGTCGACATTCTCAAAATATCTCACCTAGTGTGATGACTTTCCCATTAGAATTTAAGACATTAAAACCTGCATTAAA
AAGTTTTATTGCGACATTGTTTGAAGATAACCCTTACCAGTTCCAACCAGTTTTCCGTGGGTTTTATTTCACAAGTGCTT
TGCAAGAAGGCGTAATAGAAAGTCCAATGACTGAGCAAATTGCACAAGAATTCCAGCTTTCCCAAATTGCTCAAAGTGAA
GTAAAAGATCAGCTAAAAACAACGCCTAACCATGGTTATTTCTTAAAAGGCTTGTTTTCAGATGTCATTTTAAAAGATAA
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CCATTATTCTGGGTGTGTGGGTTTGGTCATATCGTAACAATCAACAACTTATTGCCGAAGTTCAAGCTGATTTAAATAAA
GTTGTTCAATTGGAAAAGAGTTCAGGTCAACAATTGTCGACTCAATTAGAGGCCTTACTTATCTTGCAAAGACGTCTACA
ACAGTTAGACGAATTTGATGAAAATAGACCACTAAAATTTAGTTTTGGTTTATATCAAGGTAATGAGCTACGTGAAAAAT
TAAAAGCTGAATATTTAAAAGGTGTTAAGCAAATTGTTTTGATACCTACACAGCAAAATATTGCTCAGTATTTGCAACGT
GTAAAAAATAACGAAGCAACTTTAAAAGCAAATCATACCAATGTTGAGATCAAGCAAACTGCTCAAACTCAGCAATATTT
AGAGCCTTCGGATACCAACCCTCAAGATGCTTATAATGCTTTAAAAGCATATTTAATGATGAGCAATCCACAGTATATGG
ATGCAAGTCACTTAAGTGATCAGGTAACGCGTTTCTGGCGTTCTTGGCTTGATGCCAATAAAGGGCAGATGCCACGTGCA
GATATGATCCAAGAAGCTGAGCAGATCTTATCTTATGCAATGACATTGGCAAATGATAAACAATTCCCGATCTTGGATGC
TGACTCTCAACTCGTGGATCAGACACGTCAAGTATTGCTCTCTGTTATTAGAGGTATGCCAGCACGTGACCGTGTTTATA
ATGAAATTAAAATGCGTGCTGCTGTGCGCTTCCCAGCTTTAACTGTAAGCCAGATTGTAGGTGACGCAAATAAAAATATT
GTATTGGGTAGTTATGCATTACCAGGGGTATTTACTCAAAAAGCTTGGAATGAGTATGTAGAAAAAGCAATTGAGGAAGC
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AGCAAATCAGAAAGCAGCTTACTGCATTGTATAAACAAGAATATATTGCAGAGTGGAGAAAATTCTTAAGTGGTATTCAC
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ATATATGACGAATCTAGCCTTAGTACGTAGTAAGTTTAATGAACTTAAGAATGCGGGTGAGATCGGACCGAATGCGATGA
CATTGGTTAAGCAAACTTTAAATGAGCAGACATCGGTATTTAACCAGACTCAAAAAATTGTAGATGAAAAGATGGCGGTT
GGTTTCAGTGAAATTGATCAGCAACTTCTACAAAAATTAGTGGTAAGTCCACTTACCCAAGCCTTTGAAAGTTTAATTAC
ACCTACTCAAGATGAAATTAATAAGCTATGGGTAATGCAAGCTTATCAACCATTTACTGCAAATCTTGCTAAGAAATATC
CATTTAACTCATCAGCTTCTTTACAAGCAACAAGTAGTGAAATTGGACAAATTCTTGGTGAAAACGGCAGTATTTCCCGT
TTTGTTAAAGAGAGTTTAGATCCGTTTGTTATCCGCCGTGGTTATACCTTAACCTCAAAAACATGGAAAGATTTGGGGAT
TAGTTTAAACCCACAATTTGTCATGAACTTCCAACGCTATGTCGCACCTACAAATGGAATGGCAACAGGTGAGTTAAATA
GCCAAGCACCAGCTGCTCCGGCAACCAATCAGTCTAACTTCCAGTTCTACCCAATTCAAAACCCGCAGTTACTTTCATAT
ACCGTTGATATTGATGGTCAGCGTATGACTTATGAAAATGGGGTGCAGCAATGGGTTAACTTTATTTGGCCAAATCAAGG
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GGATTAACCGTTTAATCGATAGTGCACAGCGTAAAGAGCAAAACGGTGGTTTTGAAATGCTTTGGCGCAGTAAGACAGAT
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ATGCATACAATTTTAGGCTACTTGTGGCAGTACATCACGAATCCTAAAGCAATTATCGCCTTGTCATTGTTCGTGGCATT
GATGTCTTCCTATACTTCAATTCCTCGCCATATATTTTGGGCTTTAGCATCTGCATATGCTTTAGGGCTCATCGCTTATG
GAATTTATTGGCTAATTCAGCGTAAAAAGCATGCTGTTCAAGGTGAAGAGCTTGCACAAGCGATTGAAAAGGATACCCAA
GCAGAGTACGGCAAAAATAAAGATAAAGAAGAGCTGCAACTTATTAGCCAACAAATGAAAGAATCTATTCAATTGATTCG
TAAGTCAAAGTTAGGCGATAAAAAGGGGAACGCAGCACTATATGAGTTGCCATGGTATATGGTCATTGGTAACCCGGCTG
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TTAAGCGGTACGCGTAATTGTGACTGGTTTTTTTCGACTGAGGGTATTTTACTCGACACCGCTGGACGCTATTCGGTCTA
TAGCGAAGACCACTCTGAATGGTTAGGCTTTTTAAATATCTTAAAGAAGAACCGTTCTAAGGCGCCAGTAAATGGTTTAA
TTCTTATTGTTAGTATTGCTGAGCTTGTTAGTCAGAGTCCTGAACACTCATTAAAGCTTGCGAAAAATTTACGCGCTCGT
ATTCAGGATTTAACCGAACGTTTAGAAGTGGTTGTACCTGTATATCTAGTCTTTTCAAAAATGGATTTGATCGCGGGTTT
TACCGAATTTTTCGAATTCTATGAAGCACAAGAATATAATCAGGCGTGGGGCGCAACACTACCATATGAGCAAAACTCTT
CTCATAATGCTGTAGATCTTTTTGAGAAACACTACAATATTCTTTATGACGGTTTAAAAGGGGTCAGTTCAACTCATCTT
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GTAAAAAATAACGAAGCAACTTTAAAAGCAAATCATACCAATGTTGAGATCAAGCAAACTGCTCAAACTCAGCAATATTT
AGAGCCTTCGGATACCAACCCTCAAGATGCTTATAATGCTTTAAAAGCATATTTAATGATGAGCAATCCACAGTATATGG
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TGACTCTCAACTCGTGGATCAGACACGTCAAGTATTGCTCTCTGTTATTAGAGGTATGCCAGCACGTGACCGTGTTTATA
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GTATTGGGTAGTTATGCATTACCAGGGGTATTTACTCAAAAAGCTTGGAATGAGTATGTAGAAAAAGCAATTGAGGAAGC
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TTATTGCATGGTTTAAACGTAAGGTTTTAAATCATGATGATAAACAATTAGCAAATCAGGCTGTAACGAATGCTCAAGGG
CCTATTTCTCAAGAATATCAAATGTTCTATCAATTGGTTCGTAAACGTGATGATCAGCAAGGTAAATCTTTGCTTGATGA
ATATATGACGAATCTAGCCTTAGTACGTAGTAAGTTTAATGAACTTAAGAATGCGGGTGAGATCGGACCGAATGCGATGA
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TATGCAACTGGTTGACAAAGTAACTGCAGATAAGGCTGCTCGCGTTGTATCCGCACAGCAAGCACCAGCTCAGGCAGCTG
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