Detailed information of component protein
Summary
Component ID | T6CP002512 |
Component protein type | TssF |
T6SS ID (Type) | T6SS00254 (Type i4b) |
Strain | Acinetobacter baumannii SDF |
Replicon | chromosome |
Sequence | Protein sequence (604 a.a.); Nucleotide sequence (1812 bp) |
Reference |
External database links
Locus tag (Gene) | ABSDF_RS10635 |
Coordinate (Strand) | 2076100..2077911 (-) |
NCBI ID | 446490974 |
RefSeq | NC_010400 |
Uniprot ID | UPI000165F130 |
KEGG ID | - |
PDB ID | - |
Pfam domain hit(s)
Domain | Pfam ID | E-value | Aligned region |
---|---|---|---|
T6SS_TssF | PF05947.14 | 3e-145 | 3..599 |
Transmembrane helices
- Transmembrane helices are predicted using TMHMM 2.0 software.
Prediction | Region | Sequence |
---|---|---|
Outside | 1-603 | VIEELLPFYEKQLQEFGQQSREFAQKYPKIAQRLSLNQEQIDDPHIERLIQAFSLIAARIDKKLTDSYDVFTRSLFEVMFPQYLRHFPACSVVSFEDINKIKQLTEPHLVPHHTVLKSRSFKGVQCEFNTTQDVRLLPIHLSGLDFKTTPSAHMHLNQNATLSLKFEIFNNAHACLTDEKLPIYLDAISNFPLQVLDSIFKKGTSFAVKYGQIIVELSKNPFELTGFAEQESLLPLDQHTHHAYRLLMEYFCFPEKFSYLKLDLDFLKRIPQHVSEFELLIHFKLNLNDQAVVRNYSELNIANFKLFTTPVINLFEKYAEPQKIVHKQLEYPLVTDAHHPEFYQVYSILEMNMVREKTNQEESYVPVLPFFAMSHYHNDTARFFYSVNYQKLQSNFVEMGYSIISKNLNPFSTRSDFISTKLLCSNRDLPHEALGQSNNVLNLNDSSLARRAIVLKRPTKPYKFEQGQSEQWRVISHLSLNSLALMKGDAVSLVKELLALYNLPQSKENYLIIESIKKLEFSLTHKLVDGKPFPMFVRGVKAELQIDSSVFRGHSLYIFSQLLSRVFNLKVQINSFVDLVVKDYSSQQELYQCSQNVGGKTLL |
Signal peptides
- Sec/SPI: "standard" secretory signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep).
- Sec/SPII: lipoprotein signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase II (Lsp).
- Tat/SPI: Tat signal peptides transported by the Tat translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep).
Prediction | Probability | Cleavage site | Signal peptide sequence |
---|---|---|---|
Other | 0.9964 | - | - |
Protein sequence: 604 a.a.
>T6CP002512 NC_010400:c2077911-2076100 [Acinetobacter baumannii SDF] [TssF]
VIEELLPFYEKQLQEFGQQSREFAQKYPKIAQRLSLNQEQIDDPHIERLIQAFSLIAARIDKKLTDSYDVFTRSLFEVMF
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QLLSRVFNLKVQINSFVDLVVKDYSSQQELYQCSQNVGGKTLL*
Nucleotide sequence: 1812 bp
>T6CP002512 NC_010400:c2077911-2076100 [Acinetobacter baumannii SDF] [TssF]
GTGATAGAAGAGCTTTTACCGTTTTATGAAAAACAATTACAAGAATTTGGTCAACAATCTCGGGAATTTGCCCAAAAATA
TCCAAAAATTGCTCAGCGCTTATCTTTAAATCAAGAGCAAATTGATGACCCACATATTGAACGTCTGATTCAGGCTTTTT
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TTGTAGAATTGAGCAAGAATCCATTCGAATTGACTGGTTTTGCAGAACAAGAAAGTTTATTACCGCTTGATCAACATACC
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AAAGCGAATACCTCAGCATGTATCCGAATTTGAGCTTTTAATTCATTTCAAATTAAACTTAAATGATCAAGCCGTTGTTA
GAAACTATTCTGAGCTAAATATTGCAAACTTTAAATTATTTACTACCCCAGTAATTAATTTATTTGAAAAATATGCTGAA
CCTCAGAAGATAGTTCACAAGCAATTAGAATATCCTTTAGTTACAGATGCACATCATCCTGAGTTTTATCAGGTATATTC
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AATAGCTTAGCACTTATGAAAGGGGATGCTGTTTCTCTTGTTAAAGAGCTGCTGGCTTTATATAACTTACCGCAGTCAAA
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TCCAAAAATTGCTCAGCGCTTATCTTTAAATCAAGAGCAAATTGATGACCCACATATTGAACGTCTGATTCAGGCTTTTT
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