Detailed information
Bioinformatically predicted
Overview
| Name | pilY1 | Type | Machinery gene |
| Locus tag | DLD53_RS14690 | Genome accession | NZ_CP029569 |
| Coordinates | 3017228..3021082 (+) | Length | 1284 a.a. |
| NCBI ID | WP_000768970.1 | Uniprot ID | A0A7H2A3V4 |
| Organism | Acinetobacter baumannii strain DA33098 | ||
| Function | assembly of type IV pilus (predicted from homology) DNA binding and uptake |
||
Related MGE
Note: This gene co-localizes with putative mobile genetic elements (MGEs) in the genome predicted by VRprofile2, as detailed below.
Gene-MGE association summary
| MGE type | MGE coordinates | Gene coordinates | Relative position | Distance (bp) |
|---|---|---|---|---|
| IScluster/Tn | 3015254..3016344 | 3017228..3021082 | flank | 884 |
Gene organization within MGE regions
Location: 3015254..3021082
| Locus tag | Gene name | Coordinates (strand) | Size (bp) | Protein ID | Product | Description |
|---|---|---|---|---|---|---|
| DLD53_RS14685 (DLD53_14680) | pilX | 3016386..3017216 (+) | 831 | WP_213066301.1 | PilX N-terminal domain-containing pilus assembly protein | Machinery gene |
| DLD53_RS14690 (DLD53_14685) | pilY1 | 3017228..3021082 (+) | 3855 | WP_000768970.1 | PilC/PilY family type IV pilus protein | Machinery gene |
Sequence
Protein
Download Length: 1284 a.a. Molecular weight: 138259.74 Da Isoelectric Point: 7.7712
>NTDB_id=293764 DLD53_RS14690 WP_000768970.1 3017228..3021082(+) (pilY1) [Acinetobacter baumannii strain DA33098]
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ERYR
Nucleotide
Download Length: 3855 bp
>NTDB_id=293764 DLD53_RS14690 WP_000768970.1 3017228..3021082(+) (pilY1) [Acinetobacter baumannii strain DA33098]
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AACAAGCTGTTGCTAATTTAACTGCGGGAGGCTCAACACCTTCAGCCCACGCTTATGCTGAAGCAGCTGCTTACTTAATG
GGGACAACCACATATTCAGAGACGAATTATGCTATTCGTAAAGATAGTTATATCAAACGTGTAAGAAGATCTGATAATAG
AACTGAATATTCATATTGTACTAATTACCGTGATTCGCAAATTGATACAGCCAACCTATGGCAACCTTGTCGTTCAAATA
GTTATTGGAGTAGCTGGTCAACAAATAATCCAGGTGTGGATAATGCTACTGCTTATGATACTTCATCTGACTGGACTTAT
TACTATACTTATTACTACACCACTTTTAATTATGCTGTAGCAAATGCAGATAGCGGTATTCCAAAATCTAAATCAAACGA
TACAGCTAGCAATCCGAATATTGTTGTAGACCGAAATGCTACTAACTCCAATGCAGTGTATCAGTCACCTTTACCTGCAG
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GGCAGACTCTGGTTGGGCTTGTATGGGGGAGTTTGCAAAAAGATTATTTGATAAAACAAAGAACCCTGCCGGAGTTTCTA
TTCAAACAGCATTTGTCGGTTTTGGTAGTGACTTTTCTAGTTTGAGTTCTTCTGATGTAAAAAATGCCTGCCGTTTAAGT
TCGAGAACCCAGTCTGACCGAAAAGGAGATGATGCGTGTTCACCGAATCAATCTACAAATGCGGTAGCTGCACCAGGTTA
TGGGAATGGTGGTTTTTTCCCTACTCAGAGTTCACAAGGCGTAACAGACAGCGTTATCGCATTTATTAATAATTTAGATA
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GGTTATTTACGAGCTTTTGAGCCAAATCCAGCTAACACGTACTTAACATGGCGTGGAAATTTAAAGAAATATCATGTTGT
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TTTGATCCATCAACTGGACAAAATATTTTAAAAGCTTTTCCTATAAGCTTGAAATTAAAAATATTAAATTATTTAGGTTA
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TTCACTCTTTACCGGTTCAACTAACCTACAATGGAACACTAGATGATAATGGGAATTTAACATCTGCCCGAGAACAATCC
ATCCTCTATGGAACTATGGAAGGCGGATTACATATTGTGGATGCTTCATCTGGTATTGAGCAAATGGTCTTTGTTCCTGC
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ACGGAGCTTGGGTATCTGATCCAGCCTATAATATTACTACAGTGGGAAGTGGTAGCTCGGCAGTATCAAAAGTAACTGCA
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GAAACTGCTTTTTAGAATAGGGGCAGACCAGACTGACTATAGCCGTATGGGTCAAAGCTGGTCTAAACCCGTACTCGCGA
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ACGTTGACTGACGCTTGCTTTACCAATGGAAAAGCAAAAGGAAATGCTGTCTATATTATTGACGCAAAAACTGGTCAGCG
TTTGTGGTGGACAAGTGATACAGGTTCTAATACTGATAACGCCAATATGAAGCATAGTATTGTTAGCCGTATTAGTACTT
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GTCTACCTCGTGTTGTGGGAGAAACAGACCGACAAACTTATTGTTTACCATTTGGTGCTTGTCTTAATCCGGATGGAACC
ATTAATTCAAATAAAGAAAACCCGAGCGGGTTTCAAACAAAAACTGGTAGTAACTGTCCAGCTGGAGTCTCTGAATGTAA
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GGAAATTACAGCTGTCTGGAAACGAGAACGGAACAGGTGAGTGGCAATGTACAAGTCATTTACTTCCTGTGCGCTGGTAT
GAGCGCTATCGCTAG
ATGAAACTAAAATTGAAGAATTTTAAGCCAAATAATTTGTGGTATGCCGTCTATTCAAGCTCAATGATATTCACATGGCT
AATGACAAGCTCTGTGGTGCAAGCAAGTGATTTACAAATTTATGCCTCACCTACAGCAGGTAAAAAAACAATTGTGATGA
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AACAAGCTGTTGCTAATTTAACTGCGGGAGGCTCAACACCTTCAGCCCACGCTTATGCTGAAGCAGCTGCTTACTTAATG
GGGACAACCACATATTCAGAGACGAATTATGCTATTCGTAAAGATAGTTATATCAAACGTGTAAGAAGATCTGATAATAG
AACTGAATATTCATATTGTACTAATTACCGTGATTCGCAAATTGATACAGCCAACCTATGGCAACCTTGTCGTTCAAATA
GTTATTGGAGTAGCTGGTCAACAAATAATCCAGGTGTGGATAATGCTACTGCTTATGATACTTCATCTGACTGGACTTAT
TACTATACTTATTACTACACCACTTTTAATTATGCTGTAGCAAATGCAGATAGCGGTATTCCAAAATCTAAATCAAACGA
TACAGCTAGCAATCCGAATATTGTTGTAGACCGAAATGCTACTAACTCCAATGCAGTGTATCAGTCACCTTTACCTGCAG
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GAGCGCTATCGCTAG
3D structure
| Source | ID | Structure |
|---|
Similar proteins
Only experimentally validated proteins are listed.
| Protein | Organism | Identities (%) | Coverage (%) | Ha-value |
|---|---|---|---|---|
| pilY1 | Acinetobacter baumannii D1279779 |
88.527 |
100 |
0.889 |