NT genes of Pasteurella sp. XG20


In this species, transformation by exogenous DNA is regulated by the presence of a specific Uptake Signal Sequence (USS) (PMID: 17038178).

Two versions of USS have been described (PMID: 23637627, PMID: 17038178): version A (5'-AAGTGCGGT-3'), named Hin-USS, is found in Haemophilus influenzae (PMID: 7542802, PMID: 22753031, PMID: 6285382), Actinobacillus actinomycetemcomitans (PMID: 12057937, PMID: 17074902) and Avibacterium paragallinarum (PMID: 37212663). ; USS version B (5'-ACAAGCGGT-3'), named the Apl-USS subtype, is found in Actinobacillus pleuropneumoniae (PMID: 17038178).

Here we analyzed the abundance of these 2 USS variants by using the perfect match identified by BLASTn-short.


USS statistics

USS variants Sequence Count Proportion (%)
Hin-USS AAGTGCGGT 896 96.45
Apl-USS ACAAGCGGT 33 3.55

USS detail table

Accession Replicon USS variant Coordinates Strand Sequence
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1080418..1080426 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1083489..1083497 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1088886..1088894 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1100857..1100865 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1107364..1107372 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1109031..1109039 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1129005..1129013 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1143267..1143275 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1150427..1150435 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1157955..1157963 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1160598..1160606 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1164168..1164176 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1179629..1179637 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1182797..1182805 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1184338..1184346 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1185675..1185683 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1187579..1187587 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1202250..1202258 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1203079..1203087 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1205592..1205600 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1216366..1216374 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1224369..1224377 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1231199..1231207 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1243476..1243484 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1243836..1243844 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1245878..1245886 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1246732..1246740 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1249834..1249842 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1256447..1256455 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1257515..1257523 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1266020..1266028 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1268793..1268801 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1282645..1282653 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1285038..1285046 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1289728..1289736 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1293113..1293121 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1302802..1302810 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1311806..1311814 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1324940..1324948 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1325757..1325765 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1327407..1327415 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1329278..1329286 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1332046..1332054 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1353054..1353062 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1355767..1355775 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1356999..1357007 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1366264..1366272 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1368929..1368937 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1369772..1369780 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1376244..1376252 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1387661..1387669 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1389951..1389959 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1393854..1393862 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1403396..1403404 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1404210..1404218 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1422041..1422049 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1431916..1431924 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1440369..1440377 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1447355..1447363 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1448866..1448874 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1454561..1454569 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1477414..1477422 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1478557..1478565 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1479412..1479420 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1488125..1488133 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1500082..1500090 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1504484..1504492 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1505029..1505037 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1518925..1518933 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1525232..1525240 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1531317..1531325 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1541198..1541206 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1544880..1544888 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1547916..1547924 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1549028..1549036 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1553251..1553259 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1554088..1554096 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1563238..1563246 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1567604..1567612 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1571253..1571261 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1574658..1574666 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1581814..1581822 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1582841..1582849 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1584695..1584703 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1586265..1586273 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1589053..1589061 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1593699..1593707 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1609478..1609486 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1610312..1610320 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1616874..1616882 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1620209..1620217 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1626474..1626482 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1627439..1627447 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1627877..1627885 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1642726..1642734 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1645200..1645208 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1648376..1648384 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1663713..1663721 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1667179..1667187 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1669818..1669826 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1672754..1672762 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1727630..1727638 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1728611..1728619 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1731848..1731856 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1736090..1736098 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1742099..1742107 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1754473..1754481 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1760870..1760878 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1767116..1767124 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1768200..1768208 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1770781..1770789 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1773022..1773030 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1783475..1783483 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1788337..1788345 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1788976..1788984 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1791561..1791569 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1806692..1806700 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1809365..1809373 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1811346..1811354 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1811783..1811791 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1824454..1824462 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1825867..1825875 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1833506..1833514 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1834569..1834577 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1841588..1841596 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1842491..1842499 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1847263..1847271 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1848651..1848659 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1851640..1851648 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1853428..1853436 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1854136..1854144 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1858737..1858745 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1859341..1859349 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1867659..1867667 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1868451..1868459 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1869568..1869576 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1870943..1870951 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1873134..1873142 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1877826..1877834 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1879765..1879773 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1892979..1892987 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1895774..1895782 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1899006..1899014 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1900599..1900607 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1911140..1911148 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1914365..1914373 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1917609..1917617 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1917815..1917823 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1921308..1921316 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1922972..1922980 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1923689..1923697 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1925556..1925564 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1928744..1928752 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1942374..1942382 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1949063..1949071 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1952246..1952254 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1952789..1952797 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1957525..1957533 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1963283..1963291 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1966469..1966477 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1968619..1968627 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1974750..1974758 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1979774..1979782 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1981471..1981479 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1984204..1984212 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1987961..1987969 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1994055..1994063 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 1994958..1994966 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2004684..2004692 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2013676..2013684 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2015177..2015185 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2019191..2019199 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2031085..2031093 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2032598..2032606 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2033785..2033793 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2039314..2039322 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2047729..2047737 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2048223..2048231 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2051828..2051836 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2058504..2058512 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2068368..2068376 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2073812..2073820 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2074788..2074796 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2089138..2089146 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2091787..2091795 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2095117..2095125 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2099438..2099446 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2109010..2109018 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2110411..2110419 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2122023..2122031 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2122126..2122134 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2129090..2129098 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2142425..2142433 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2144526..2144534 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2155876..2155884 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2158395..2158403 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2159976..2159984 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2162955..2162963 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2168373..2168381 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2174738..2174746 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2177994..2178002 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2179027..2179035 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2180535..2180543 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2185766..2185774 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2194588..2194596 + AAGTGCGGT
  NZ_CP076656 chromosome Hin-USS 2203580..2203588 + AAGTGCGGT
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