Microbial Bioinformatics Group at MML, SJTU
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The Microbial Bioinformatics Group at the Laboratory of Molecular Microbiology,
 State Key Laboratory of Microbial Metabolism,
School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University (SJTU), China, is focused on in-depth mining of bacterial genome sequences
by combination of bioinformatics approaches and molecular biology experimental
techniques.
The current work emphasizes:
(i) development of the open-access database and prediction tools of bacterial mobile genetic elements, toxin-antitoxin systems, and secretion systems;
(ii) characterization of novel mobile genetic elements in Klebsiella
pneumoniae and other opportunistic bacterial pathogens that have
developed antibiotic resistances.
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| News: |
| 研究生招生：2025年研究生招生情况说明（学术型硕士1名） |
| 科研进展：2024年10月，合作研发预测CD8+ T细胞受体识别抗原表位的新方法 |
| 科研进展：2024年10月，质粒接合起始位点数据库oriTDB2论文在NAR发表 |
| 科研进展：2024年8月，合作发现转座酶TnpA通过与肺炎克雷伯菌DnaN直接互作来实现Tn1721的转座 |
| 学术报告：2024年5月，Translational human organ ex vivo perfusion models to study infection, Prof. Marco R. Oggioni, University of Bologna, Italy |
| 科研进展：2024年2月，合作发现RES-Xre家族TA系统KnaAT维持肺炎克雷伯菌毒力质粒的遗传稳定 |
| 科研进展：2023年12月，合作发现肺炎克雷伯菌从动质粒促进耐药基因和毒力基因的播散 |
| 科研进展：2023年11月，DeepSecE, ICEberg3和TADB3论文发表 |
| 科研进展：2023年9月，发现肺炎克雷伯菌CpxR调控耐药质粒中blaKPC基因和tra基因簇的转录 |
| 学术报告：2023年7月，基于本体的疫苗数据标准化、整合和机器学习，何勇群 密西根大学医学院 |
| 学术报告：2023年5月，利用机器学习技术来加速生物医学知识发现，宋江宁 蒙纳士大学 |
| 科研进展：2022年11月，发展细菌六型分泌系统数据库 |
| 科研进展：2022年5月，发展病原菌耐药移动元件的一键式分析软件 |
| 科研进展：2021年10月，开发细菌基因组规模预测IV型分泌系统效应蛋白的新软件 |
| 科研进展：2021年7月，合作发现肺炎克雷伯菌毒力质粒的非自主转移 |
| 学术报告：2021年5月，Leveraging the power of data-driven machine learning techniques to address significant biomedical classification problems |
| 学术报告：2019年10月，Within-macrophages replication dynamics of Klebsiella pneumoniae |
| 学术报告：2019年10月，本体：生物医学大数据标准化与高级人工智能的基石 |
| 学术报告：2019年9月，基于纳米孔测序技术的新型耐药质粒结构解析方案 |
| 学术报告：2019年4月，RNA Systems Biology meets infection: Bacterial 3’UTR fragments are a novel class of regulatory RNA |
| 科研进展：2019年8月，联合发现与肺炎克雷伯菌乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统的转录调控机制 |
| 科研进展：2018年7月，明确肺炎克雷伯菌耐药质粒在高毒株中的接合转移 |
| 科研进展：2018年3月，肺炎克雷伯菌乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统的识别和鉴定 |
| 科研进展：2017年2月，VRprofile软件识别病原细菌的可移动遗传元件 |
| 学术报告：2016年10月，Histidinekinase:the receptor of β-lactam antibiotics in Gramnegative bacteria |
| 学术报告：2016年10月，Systematic and Integrative Bioinformatic Collection, Representation, and Analysis of Vaccines and Pathogen Virulence Factors |
| 学术报告：2015年8月，A Salmonella enterica Paratyphi A Stk fimbrial gene polymorphism: spontaneous neutral variation or an immune evasion-selected phenomenon |
| 学术报告：2015年7月，From Microorganisms: Drug Delivery, Nanotechnology and Cancer Therapy |
| 科研进展：2015年7月，分析碳青酶烯耐药肺炎克雷伯菌的可移动基因组 |
| 学术报告：2015年6月，Mini-Seminar on Bacterial Antimicrobial Resistance (AMR) and Drug Development |
| 科研进展：2011年10月，细菌整合性接合元件数据库对外开放 |
| 科研进展：2007年11月，甲型副伤寒沙门菌的多重PCR检测 |
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