Detailed information
Bioinformatically predicted
Overview
| Name | pilY1 | Type | Machinery gene |
| Locus tag | LO010_RS01800 | Genome accession | NZ_CP087335 |
| Coordinates | 383212..387063 (+) | Length | 1283 a.a. |
| NCBI ID | WP_258580363.1 | Uniprot ID | - |
| Organism | Acinetobacter baumannii strain DB053 | ||
| Function | assembly of type IV pilus (predicted from homology) DNA binding and uptake |
||
Related MGE
Note: This gene co-localizes with putative mobile genetic elements (MGEs) in the genome predicted by VRprofile2, as detailed below.
Gene-MGE association summary
| MGE type | MGE coordinates | Gene coordinates | Relative position | Distance (bp) |
|---|---|---|---|---|
| IScluster/Tn | 381567..382657 | 383212..387063 | flank | 555 |
Gene organization within MGE regions
Location: 381567..387063
| Locus tag | Gene name | Coordinates (strand) | Size (bp) | Protein ID | Product | Description |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LO010_RS01790 | - | 381567..382657 (+) | 1091 | WP_141738495.1 | IS4-like element ISAba1 family transposase | - |
| LO010_RS01795 | - | 382676..383200 (+) | 525 | Protein_345 | pilus assembly protein | - |
| LO010_RS01800 | pilY1 | 383212..387063 (+) | 3852 | WP_258580363.1 | PilC/PilY family type IV pilus protein | Machinery gene |
Sequence
Protein
Download Length: 1283 a.a. Molecular weight: 137952.47 Da Isoelectric Point: 7.7711
>NTDB_id=628869 LO010_RS01800 WP_258580363.1 383212..387063(+) (pilY1) [Acinetobacter baumannii strain DB053]
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RYR
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Nucleotide
Download Length: 3852 bp
>NTDB_id=628869 LO010_RS01800 WP_258580363.1 383212..387063(+) (pilY1) [Acinetobacter baumannii strain DB053]
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TTTTTGGCTAGCAATAACCCTGTCTTAAATGATACGCGAGTAGGTTTAGGAAATTTCTCGGCAAATGGTGACAGCCGAAG
TGGACAAATTTTAGTGGCTGCTGCTCCTTTAGGTGATGCAAGTACTTTAAATACGGTAGGCTCACAACGTTATAAATTAA
AACAAGCTGTTGCTAATTTAACTGCGGGAGGCTCAACACCTTCAGCCCACGCTTATGCTGAAGCAGCTGCTTACTTAATG
GGGACAACCACATATTCAGAGACGAATTATGCTATTCGTAAAGATAGTTATATCAAACGTGTAAGAAGATCTGATAATAG
AACTGAATATTCATATTGTACTATTTACCGTGATTCGCAAATTGATACAGCCAACCTATGGCAACCTTGTCGTTCAAATA
GTTATTGGAGTAGCTGGTCAACAAATAATCCAGGTGTGGATAATGCTACTGCTTATGATACTTCATCTGACTGGACTTAT
TACTATACTTATTACTACACCACTTTTAATTATGCTGTAGCAAATGCAGATAGCGGTATTCCAAAATCTAAATCAAACGA
TACAGCTAGCAATCCGAATATTGTTGTAGACCGAAATGCTACTAACTCCAATGCAGTGTATCAGTCACCTTTACCTGCAG
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GGCAGACTCTGGTTGGGCTTGTATGGGGGAGTTTGCAAAAAGATTATTTGATAAAACAAAGAACCCTGCCGGAGTTTCTA
TTCAAACAGCATTTGTCGGTTTTGGTAGTGACTTTTCTAGTTTGAGTTCTTCTGATGTAAAAAATGCCTGCCGTTTAAGT
TCGAGAACCCAGTCTGACCGAAAAGGAGATGATGCGTGTTCACCGAATCAATCTACAAATGCGGTAGCTGCACCAGGTTA
TGGGAATGGTGGTTTTTTCCCTACTCAGAGTTCACAAGGCGTAACAGACAGCGTTATCGCATTTATTAATAATTTAGATA
AAGTTCCTTTAGAACCCTTAACCACAGGTGCTATCTCAGTTCCATATGATGCATTGAATCCCAAAAATTTACAGGAATAT
GGTTATTTACGAGCTTTTGAGCCAAATCCAGCTAACACGTACTTAACATGGCGTGGAAATTTAAAGAAATATCATGTTGT
TTTATCTGGAGCGAATGCAGGTGCTTTTGAGGCCAATTCTGGCGGATTAGTCTACAATGCAAGTGGGGCTTTTAGGACTG
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TTTGATCCATCAACTGGACAAAATATTTTAAAAGCTTTTCCTATAAGCTTGAAATTAAAAATATTAAATTATTTAGGTTA
TTCAACAGATATTAATGCAACAACTCTGCCTTCATCTTTGGTTACATCGAATGAACCTTATTTATCGATGGGGGGAAGTA
TTCACTCTTTACCGGTTCAACTAACCTACAATGGAACACTAGATGATAATGGGAATTTAACATCTGCCCGAGAACAATCC
ATCCTCTATGGAACTATGGAAGGCGGATTACATATTGTGGATGCTTCATCTGGTATTGAGCAAATGGTCTTTGTTCCTGC
AGATATTTTAAATGATTCAGTTGCTTCCAAAGCTTTAGTTGTTGGTCAAAGTGATGCTTCAGCTCCCGCTCATGGTATGG
ACGGAGCTTGGGTATCTGATCCAGCCTATAATATTACTACAGTGGGAAGTGGTAGCTCGGCAGTATCAAAAGTAACTGCA
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GAAACTGCTTTTTAGAATAGGGGCAGACCAGACTGACTATAGCCGTATGGGTCAAAGCTGGTCTAAACCCGTACTCGCGA
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ACGTTGACTGACGCTTGCTTTACCAATGGAAAAGCAAAAGGAAATGCTGTCTATATTATTGACGCAAAAACTGGTCAGCG
TTTGTGGTGGACAAGTGATACAGGTTCTAATACTGATAACGCCAATATGAAGCATAGTATTGTTAGCCGTATTAGTACTT
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GGTCGTGAAGGTATGACGCCTGCAAGTGCATTAAGTGGACGTCCTGTAAATAATGTATATGGAATTATTGATAAAGACTT
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CACAAATTCTAAGAACAGGTGAAACAAGAGTAGCTCAAATTTTCTTCCCCACTACAGGAGTAGGTAAAGGTGGTTGGTAT
CGCTCGCTTTCTAGTACGAGCGATGGTACAGAAAAAGCTAATAATAGTTTTCGTATTAAAGGAGGACTCAAAGCTTTTGA
GGAACCAATGGCAATTACGGGTAATTTAATTATTCCAGTTTATGACCCTCAAGGAACGGGAATTGTTGCGGATCCTTGTC
TACCTCGTGTTGTGGGAGAAACAGACCGACAAACTTATTGTTTACCATTTGGTGCTTGTCTTAATCCGGATGGAACCATT
AATTCAAATAAAGAAAACCCGAGCGGGTTTCAAACAAAAACTGGTAGTAACTGTCCAGCTGGAGTCTCTGAATGTAATAC
AAATGTCATTGGTGCAGGTATTCGTAATATCACATTTGTTCCAAAAAGAGATGAACCTCCTGTGACTAATAGTTGTGGGA
AATTACAGCTGTCTGGAAACGAGAACGGAACAGGTGAGTGGCAATGTACAAGTCATTTACTTCCTGTGCGCTGGTATGAG
CGCTATCGCTAG
ATGAAACTAAAATTGAAGAATTTTAAGCCAAATAATTTGTGGTATGCCGTCTATTCAAGCTCAATGATATTCACATGGCT
AATGACAAGCTCTGTGGTGCAAGCAAGTGATTTACAAATTTATGCCTCACCTACAGCAGGTAAAAAAACAATTGTGATGA
TGTTGGATACATCAGGAAGTATGACCAACAATAGTTATGGTGAAAACCGCTTAGCCATGCTTAAAAATGGTATGAATGCT
TTTTTGGCTAGCAATAACCCTGTCTTAAATGATACGCGAGTAGGTTTAGGAAATTTCTCGGCAAATGGTGACAGCCGAAG
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AACAAGCTGTTGCTAATTTAACTGCGGGAGGCTCAACACCTTCAGCCCACGCTTATGCTGAAGCAGCTGCTTACTTAATG
GGGACAACCACATATTCAGAGACGAATTATGCTATTCGTAAAGATAGTTATATCAAACGTGTAAGAAGATCTGATAATAG
AACTGAATATTCATATTGTACTATTTACCGTGATTCGCAAATTGATACAGCCAACCTATGGCAACCTTGTCGTTCAAATA
GTTATTGGAGTAGCTGGTCAACAAATAATCCAGGTGTGGATAATGCTACTGCTTATGATACTTCATCTGACTGGACTTAT
TACTATACTTATTACTACACCACTTTTAATTATGCTGTAGCAAATGCAGATAGCGGTATTCCAAAATCTAAATCAAACGA
TACAGCTAGCAATCCGAATATTGTTGTAGACCGAAATGCTACTAACTCCAATGCAGTGTATCAGTCACCTTTACCTGCAG
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TCGAGAACCCAGTCTGACCGAAAAGGAGATGATGCGTGTTCACCGAATCAATCTACAAATGCGGTAGCTGCACCAGGTTA
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GGTTATTTACGAGCTTTTGAGCCAAATCCAGCTAACACGTACTTAACATGGCGTGGAAATTTAAAGAAATATCATGTTGT
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TTTGATCCATCAACTGGACAAAATATTTTAAAAGCTTTTCCTATAAGCTTGAAATTAAAAATATTAAATTATTTAGGTTA
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TTCACTCTTTACCGGTTCAACTAACCTACAATGGAACACTAGATGATAATGGGAATTTAACATCTGCCCGAGAACAATCC
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CGCTATCGCTAG
3D structure
| Source | ID | Structure |
|---|
Similar proteins
Only experimentally validated proteins are listed.
| Protein | Organism | Identities (%) | Coverage (%) | Ha-value |
|---|---|---|---|---|
| pilY1 | Acinetobacter baumannii D1279779 |
88.295 |
100 |
0.888 |