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上海交通大学微生物代谢国家重点实验室/生命学院
欧竑宇研究组2014年研究生招生情况说明


研究方向:微生物学 (微生物基因组学和生物信息学)
拟招生人数: 硕士研究生1名;博士研究生 1名
考生专业背景:生物学、生物信息学、计算机、应用数学等等专业(无具体限制),欢迎学科交叉
导师:欧竑宇 教授, 博士生导师
E-mail: hyou@sjtu.edu.cn
研究小组简介: http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/
联系地址: 上海市华山路1954 号徐汇校区哲生馆 (原科学馆) 213室

欢迎加入我们小组,致力微生物组学研究,向未知挑战!

我们研究组长期从事微生物基因组学与生物信息学的交叉研究。选择碳青霉烯类耐药菌和抗生素产生菌卡特利链霉菌为研究体系,从建立菌种资源库和组学数据挖掘平台开始,专注于细菌可移动遗传元件的核心识别算法开发和重要生物学功能解析。研究组已培养多名硕士生,现有8名在读的博士和硕士生。1人获上海市优秀硕士学位论文,多人次获研究生国家奖学金等国家、校级和院级奖学金。

研究组负责人欧竑宇教授已发表SCI论文三十余篇,引用达一千余次;主持了863计划生物信息与生物计算技术专题1项、国家自然科学基金4项、教育部新世纪优秀人才资助计划1项和上海市青年科技启明星计划1项,曾获全国优秀博士学位论文提名 (2006年)、明治乳业生命科学奖 (2008年) 和上海交通大学晨星青年学者奖励计划SMC优秀青年教师(A类;2009、2012年);屡次在国内外学术会议上担任分会场主持或作报告;多次受邀撰写专著章节及综述。

研究小组研究方向简介:
(1)围绕细菌可移动元件开展的生物信息学应用研究
在细菌可移动遗传元件的比较分析中,开发和维护了一系列工具和数据库,5篇相关论文均发表在Nucleic Acids Research杂志上,主要包括:(i) 元件识别工具:基因组岛识别策略MobilomeFINDER,基因组差减杂交模拟工具mGenomeSubtractor。(ii) 元件转移相关数据库:整合性接合元件 (ICE) 是一种可自主移动的元件,ICEberg数据库收录了上百个细菌中四百多个ICEs,SecReT4数据库收录了八百多个介导ICE接合转移的四型分泌系统。(iii) 元件与宿主互作相关数据库:宿主菌可借助与细菌程序性死亡相关的II型毒素-抗毒素系统来调控元件的遗传稳定性,TADB数据库收录了一万多个毒素-抗毒素系统。课题组拥有包括浪潮和曙光高性能计算集群,GPU计算服务器和四路数据库专用服务器等计算硬件设备。

(2)革兰氏阴性条件致病菌的比较组学分析
完成了属于肺炎克雷伯菌ST11中国优势克隆株的碳青霉烯酶产生菌HS11286的全基因组测序。识别了甲型副伤寒沙门菌的血清型特异性基因,提出了基于多重PCR的快速检测方法,论文以封面论文发表于Journal of Molecular Diagnostics杂志。

 (3) 卡特利链霉菌基因组挖掘: 巨型线性质粒与ε-聚赖氨酸合成
ε-聚赖氨酸通常是由25~35个L-赖氨酸通过α-羧基和ε-氨基的酰胺键连接而成,是一种无毒害的新型生物防腐剂和天然材料。全基因测序发现ε-聚赖氨酸产生菌卡特利链霉菌具有两个大的线性复制子,包括一个新的、携带了丰富次生代谢物合成基因的1.8 Mb巨型质粒。我们以阐明ε-聚赖氨酸生物合成机制为切入点,对产ε-聚赖氨酸的卡特利链霉菌进行基因组挖掘。

(4)“干-湿”实验紧密结合: 广泛的国内外交流合作
我们充分运用数据挖掘的特长,积极与多个实验型课题组展开合作,实现优势互补,取得了一系列多学科交叉研究的合作成果。例如,首次在变铅青链霉菌和天蓝色链霉菌中分别发现了编码DNA硫修饰和限制修饰的基因组岛,合作论文连续发表在Molecular Microbiology、PLoS Genetics、PLoS One等杂志。此外,我们与英国莱斯特大学医学院建立了长期的密切合作关系,研究人员及学生定期互访,2012获中英博士生教育及科研合作伙伴关系项目资助。

 


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